您好，针对您提出的“双方是合法夫妻但在没有结婚证情况下怎么办理离婚”的问题，这确实是一个需要细致分析的情况。首先，我们要明确的是，没有结婚证并不意味着双方一定不构成法律上的婚姻关系，这需要根据具体情况来判断。
一、未办理结婚登记但构成事实婚姻的情况
如果您的婚姻关系是在1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前建立的，并且双方符合结婚的实质要件（如年龄、自愿、无禁止结婚的亲属关系等），那么您的婚姻关系在法律上是被认定为事实婚姻的。
处理方式：
协议离婚：在这种情况下，您需要先补办结婚登记，然后再按照正常的离婚流程办理，包括申请、受理、冷静期（如果适用）、审查、登记（发证）等步骤。
诉讼离婚：如果您选择诉讼离婚，那么一方向有管辖权的人民法院提起离婚诉讼即可。法院在审理过程中会进行调解，如果调解无效且感情确已破裂，法院会准予离婚。
二、未办理结婚登记且不构成事实婚姻的情况
如果您的婚姻关系是在1994年2月1日以后建立的，并且双方没有补办结婚登记，那么您的关系在法律上通常被视为同居关系，而不是婚姻关系。
处理方式：
自行解除同居关系：在这种情况下，双方可以自行解除同居关系，不需要通过法律程序来“离婚”。
协商解决子女抚养和财产分割问题：如果双方有子女或者共同财产，那么需要就子女抚养和财产分割问题进行协商。协商达成一致后，可以签订协议来明确双方的权利和义务。
诉讼解决争议：如果协商不成，双方可以向人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况来作出处理。
三、结婚证遗失或损毁的情况
另外，还有一种可能是双方原本已经办理了结婚登记，但结婚证遗失或损毁了。
处理方式：
协议离婚：在这种情况下，您可以先向原办理婚姻登记的机关或一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领结婚证，然后再按照正常的离婚登记流程办理离婚手续。
诉讼离婚：如果您选择诉讼离婚，并且无法补领结婚证，那么您可以向婚姻登记机关开具婚姻关系证明，然后向法院提起离婚诉讼。
四、实际操作建议
明确关系性质：首先，您需要明确双方的关系性质，是事实婚姻、同居关系还是结婚证遗失或损毁的情况，以便选择合适的处理方式。
协商优先：在涉及财产分割和子女抚养问题时，我建议您优先考虑协商解决。通过友好沟通，双方可以达成一致意见，减少不必要的法律纠纷。
寻求法律援助：如果协商不成或者情况比较复杂，我建议您及时咨询专业律师并寻求法律援助。律师可以根据您的具体情况提供专业的法律建议，帮助您维护自身权益。
综上所述，没有结婚证的情况下办理离婚需要根据具体情况来选择合适的处理方式。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。