法院可以拍卖被执行人的房产，即使拍卖款低于银行抵押款。以下是详细分析：

1. 法院拍卖的依据与目的
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院拍卖被执行人财产的核心目的是通过变现财产清偿债务，而非确保抵押权人全额受偿。只要房产属于被执行人名下可供执行的财产，法院即可依法启动拍卖程序，无论拍卖款是否足以覆盖抵押债权。

2. 拍卖款分配规则
   若拍卖所得低于抵押债权金额，拍卖款需优先全额支付给抵押权人（如银行），剩余部分再分配给其他普通债权人。若拍卖款不足以清偿抵押债权，银行可就未受偿部分向被执行人继续追偿（如要求被执行人以其他财产补足差额），但法院不会因此中止拍卖。

3. 抵押权人的权利保障
   银行作为抵押权人，在拍卖后仍享有以下权利：

   • 优先受偿权：拍卖款优先用于偿还抵押贷款本金、利息及实现债权的费用；
     
   • 差额追偿权：若拍卖款不足，银行可要求被执行人继续履行债务（如通过工资扣划、其他财产执行等）；
     
   • 申请参与分配：若被执行人还有其他财产，银行可申请参与分配程序，争取从其他财产中受偿。

4. 被执行人的法律后果
   房产被拍卖后，被执行人需承担：

   • 债务继续履行：若拍卖款不足，剩余债务仍需偿还；
     
   • 信用受损：未清偿债务可能影响个人征信，限制高消费等；
     
   • 其他财产风险：若拒不履行，法院可能执行其名下其他财产（如车辆、存款等）。

总结：法院拍卖房产不受拍卖款是否覆盖抵押债权的影响，但拍卖款需优先清偿抵押权人。若您作为债权人或被执行人涉及此类问题，可进一步向我咨询具体操作流程或权利义务细节。