结论：营业执照等证件与自然人合作，在符合法律法规、不违反强制性规定且双方意思表示真实的情况下是合法的。以下从不同角度详细分析：

一、合法合作的基本前提

1. 主体资格合法：

   • 营业执照等证件代表企业或个体工商户的合法经营资格。与自然人合作时，首先要确保该自然人具备完全民事行为能力，即能够独立进行民事活动并承担民事责任。
   • 同时，要核实营业执照等证件的真实性、有效性，确保合作方是合法存在的经营主体。

2. 合作内容合法：

   • 合作事项必须符合法律法规的规定，不得违反国家强制性规定或公序良俗。例如，不得合作从事非法经营、走私、贩毒等违法犯罪活动。
   • 合作内容应明确、具体，避免模糊不清或产生歧义，以确保双方权益的清晰界定。

3. 意思表示真实：

   • 双方合作应基于自愿、平等、公平的原则，意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。
   • 合作协议或合同应明确双方的权利义务，确保双方对合作内容、方式、期限等均有充分了解并达成一致。

二、合法合作的具体情形

1. 个体工商户与自然人合作：

   • 个体工商户可以与自然人签订合作协议，共同开展经营活动。例如，个体工商户与自然人合作开设店铺、提供服务等。
   • 在此情形下，双方应明确各自的投资比例、利润分配方式、责任承担等事项，并签订书面合作协议以明确双方权益。

2. 公司与自然人合作：

   • 公司可以与自然人签订劳动合同或劳务合同，雇佣自然人作为员工或提供劳务服务。此时，公司需遵守劳动法律法规，保障员工的合法权益。
   • 公司也可以与自然人签订合作协议，共同开展项目或业务。例如，公司委托自然人进行市场调研、产品开发等。在此情形下，双方应明确合作方式、期限、费用支付等事项，并签订书面合作协议。

3. 合伙企业与自然人合作：

   • 合伙企业可以吸收自然人作为新合伙人，共同经营合伙企业。此时，需按照合伙企业法的规定办理入伙手续，修改合伙协议等。
   • 合伙企业也可以与自然人签订合作协议，开展特定项目或业务合作。在此情形下，双方应明确合作内容、方式、期限等事项，并签订书面合作协议以明确双方权益。

三、合法合作的注意事项

1. 签订书面合作协议：

   • 无论与何种类型的自然人合作，都应签订书面合作协议以明确双方权益。口头协议虽然具有法律效力，但在发生纠纷时难以举证，不利于维护双方权益。

2. 遵守相关法律法规：

   • 在合作过程中，双方应遵守相关法律法规的规定，如税收法规、劳动法规等。不得利用合作进行违法犯罪活动或逃避法律责任。

3. 及时解决纠纷：

   • 在合作过程中，如发生纠纷或争议，双方应及时沟通协商解决。如协商不成，可以寻求法律途径解决纠纷，如诉讼、仲裁等。

建议：在营业执照等证件与自然人合作时，务必确保合作合法合规，签订书面合作协议以明确双方权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。