宅基地纠纷书面协议到村委会备案，一般需按以下步骤操作：

1. 准备协议文本：

   • 确保协议内容完整、明确，包括双方当事人的基本信息、宅基地的具体位置、面积、纠纷事项、解决方案、双方的权利与义务、违约责任等关键条款。
   • 协议应由双方当事人签字或盖章，并注明签订日期。若可能，最好有第三方见证人签字，以增强协议的法律效力。

2. 携带必要材料：

   • 携带宅基地纠纷书面协议原件及复印件。
   • 双方当事人的身份证明（如身份证、户口本等）原件及复印件。
   • 宅基地使用权证或其他相关权属证明文件原件及复印件。

3. 前往村委会：

   • 双方当事人（或一方代表，但需有另一方书面授权）共同前往宅基地所在地的村民委员会。
   • 向村委会工作人员说明来意，即申请对宅基地纠纷书面协议进行备案。

4. 提交材料并填写申请表：

   • 将准备好的协议文本、身份证明、权属证明等材料提交给村委会。
   • 根据村委会的要求，填写备案申请表或提供相关信息。

5. 村委会审核与备案：

   • 村委会会对提交的材料进行审核，确认协议内容的合法性和真实性。
   • 审核通过后，村委会会在协议上加盖公章或出具备案证明，表示该协议已在村委会备案。

6. 领取备案证明：

   • 双方当事人（或代表）在村委会领取备案证明或加盖公章的协议副本。
   • 备案证明是协议已备案的有效凭证，应妥善保管。

注意事项：

• 在备案前，确保协议内容已经双方充分协商并达成一致，避免后续产生新的纠纷。
• 村委会备案并非协议生效的必要条件，但备案可以增强协议的公信力和执行力，便于在纠纷发生时作为证据使用。
• 如果宅基地纠纷涉及复杂法律问题或双方无法达成一致，建议先咨询专业律师或寻求法律援助，再制定协议并备案。

特殊情况处理：

• 如果村委会拒绝备案或提出异议，应询问具体原因，并根据原因进行相应调整或补充材料。
• 若双方对协议内容存在争议，且无法通过协商解决，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如申请调解、仲裁或提起诉讼。在此过程中，已备案的协议可以作为重要证据使用。