在非法吸收公众存款案件中，员工的底薪是否会被追缴，需根据具体情况判断，主要取决于员工是否参与非法活动及底薪的性质。以下从不同角度为你详细分析：

1. 底薪若被认定为违法所得，则可能被追缴

根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。在非法吸收公众存款案件中，如果员工的底薪被认定为违法所得的一部分，即该底薪是通过非法吸收公众存款活动直接或间接获得的，那么这部分底薪可能会被追缴。

举例说明：假设某员工在非法吸收公众存款的公司中担任业务员，其底薪虽然固定，但公司的主要业务就是非法吸收公众存款，且该员工的底薪部分来源于公司非法吸收的资金。在这种情况下，该员工的底薪很可能被视为违法所得，面临被追缴的风险。

2. 底薪若被认定为合法劳动报酬，则一般不被追缴

如果员工的底薪是其提供正常劳动所应得的报酬，且该报酬与非法吸收公众存款活动无直接关联，那么这部分底薪通常不会被追缴。这是因为，合法劳动报酬是员工通过正当劳动获得的收入，受到法律保护。

举例说明：假设某员工在一家合法经营的公司中担任行政职务，后该公司因涉及非法吸收公众存款案件被查处。但该员工的底薪是其作为行政人员提供正常行政服务所应得的报酬，与非法吸收公众存款活动无关。在这种情况下，该员工的底薪一般不会被追缴。

3. 实际处理中的考量因素

在实际处理中，法院或相关执法机关会综合考虑多种因素来判断底薪是否应被追缴，包括但不限于：

• 员工是否知情：如果员工对公司的非法吸收公众存款活动毫不知情，且其底薪是合法劳动所得，那么追缴的可能性较小。
• 底薪的来源：如果底薪部分或全部来源于公司非法吸收的资金，那么追缴的可能性较大。
• 员工在案件中的角色：如果员工在非法吸收公众存款活动中扮演了重要角色，如积极参与、组织策划等，那么其底薪更可能被视为违法所得而追缴。

4. 法律建议

• 保留证据：如果你或你认识的人涉及此类案件，建议保留好与底薪相关的所有证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以便在需要时证明底薪的合法性。
• 积极配合调查：在案件调查过程中，应积极配合执法机关的工作，如实陈述事实，提供相关证据。
• 寻求法律帮助：如果面临底薪被追缴的风险，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。

总结来说，非法吸收公众存款案件中员工的底薪是否会被追缴，需根据具体情况判断。如果你或你认识的人涉及此类问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。