检察院对民事判决有问题的处理方式主要取决于判决是否已生效，具体分为以下两种情况：

1. 判决尚未生效（处于上诉或抗诉期内）
   若当事人认为判决存在错误（如事实认定不清、法律适用错误、程序违法等），可在上诉期内（通常为15日）向上一级法院提起上诉。此时检察院一般不直接介入，但若检察院发现法院审判过程中存在严重违法行为（如审判人员贪污受贿、徇私舞弊等），可依职权提出抗诉，要求上级法院撤销原判、发回重审或直接改判。

2. 判决已生效（超过上诉期且无上诉）
   若当事人认为生效判决确有错误，可向检察院申请民事诉讼监督（即申请抗诉或检察建议）。检察院受理后会审查判决的合法性，若发现以下情形，可能提出抗诉或检察建议：

   • 判决认定事实的主要证据不足、未经质证或系伪造；
     
   • 判决适用法律确有错误；
     
   • 审判人员存在贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判等违法行为；
     
   • 法院违反法定程序，可能影响公正审判。
     处理结果：检察院提出抗诉后，法院必须启动再审程序；若提出检察建议，法院会自行审查是否启动再审。

补充说明：

• 当事人申请监督需提交书面申请书、生效判决书、相关证据材料等，检察院会在3个月内审查完毕并答复。
  
• 若检察院认为判决无误，会作出不支持监督申请的决定，当事人仍可通过其他途径（如申诉）主张权利，但检察院不再介入。
  

建议：若您认为民事判决存在问题，可先核对判决是否已生效，再根据情况选择上诉或向检察院申请监督。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我会结合证据和法律为您分析处理方案。