不完全虚开发票的处理需结合具体行为性质、情节严重程度及法律后果综合判断，以下是详细分析：

1. 不完全虚开发票的定义与法律定性
   不完全虚开发票通常指发票记载的部分内容（如金额、数量、品名等）与实际交易不符，但存在部分真实交易背景。例如：企业实际采购10万元货物，但要求对方开具15万元发票，虚增部分用于套取资金或抵扣税款。
   根据《刑法》第205条及《发票管理办法》规定，虚开发票包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开四种情形，无论虚开部分是否完全脱离真实交易，均可能构成行政违法或刑事犯罪。

2. 行政责任：税务处罚与补救措施

   • 处罚依据：根据《发票管理办法》第35条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
     
   • 补救建议：
     
     1. 主动纠正：若尚未被税务机关查处，企业应立即停止虚开行为，红冲虚开发票并重新开具符合实际的发票，同时调整账务处理。
        
     2. 配合调查：若已被税务机关立案，需积极配合调查，提供真实交易合同、付款凭证、物流单据等证据，证明虚开部分与真实交易的关联性，争取从轻处理。
        
     3. 补缴税款：若虚开发票导致少缴税款，需主动补缴税款及滞纳金，避免被认定为“偷税”而面临更严厉处罚。

3. 刑事责任：虚开发票罪的认定与辩护

   • 立案标准：根据《刑事案件立案追诉标准（二）》第57条，虚开发票金额累计在40万元以上，或虚开发票100份以上，或5年内因虚开发票受过行政处罚2次以上又虚开的，应予立案追诉。
     
   • 辩护方向：
     
     1. 主观故意争议：若企业能证明虚开行为系财务人员个人行为，或因对法律理解错误导致，可能削弱“故意”要件，争取不构成犯罪。
        
     2. 情节轻微辩护：若虚开金额较小、未造成税款损失，或企业具有自首、立功、认罪认罚等情节，可争取不起诉或缓刑。
        
     3. 单位犯罪与个人犯罪区分：若虚开行为由单位决策层决定，可能构成单位犯罪，但单位犯罪的直接责任人员仍需承担刑事责任。

4. 实务建议：风险防范与合规管理

   • 完善内控制度：建立发票审核流程，要求财务人员核对合同、付款、货物（服务）流“三流一致”，避免虚开发票风险。
     
   • 定期自查：委托税务师事务所或律师对历史发票进行合规审查，及时发现并纠正问题。
     
   • 培训与宣传：对企业高管、财务、业务人员开展税务合规培训，明确虚开发票的法律后果，强化合规意识。

总结：不完全虚开发票的处理需以“纠正行为、降低损失、防范风险”为核心，企业应优先通过主动纠正、配合调查、补缴税款等方式化解行政风险；若已涉嫌犯罪，需结合虚开金额、主观故意、情节轻重等要素，制定辩护策略，争取从轻处理。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性建议。