结论：在三方签署的购买房屋合同协议中，如果有一方被认定为无效，该协议是否可以继续执行，取决于无效部分对整体合同的影响程度以及合同的具体内容。以下从不同角度进行分析：
合同部分无效与整体无效的区分：
- 部分无效：如果合同中的某一部分被认定为无效，但该部分并不构成合同的主要条款或核心内容，且其余部分仍然具有独立存在的意义，那么合同的其他部分可能仍然有效，可以继续执行。例如，合同中关于违约金的约定可能因过高而被认定为无效，但这并不影响合同中关于房屋买卖的主要条款的执行。
- 整体无效：如果合同中的无效部分涉及合同的主要条款或核心内容，导致整个合同的目的无法实现，或者合同因违反法律、行政法规的强制性规定而无效，那么整个合同将无法继续执行。例如，如果合同因涉及非法交易（如走私房屋）而被认定为无效，那么整个合同都将失去法律效力。
无效合同的处理原则：
- 返还财产：如果合同被认定为无效，且双方已经履行了部分或全部义务，那么根据法律规定，双方应当返还因合同取得的财产。在房屋买卖合同中，这可能意味着卖方需要返还买方已支付的房款，买方需要返还卖方已交付的房屋（如果已交付）。
- 赔偿损失：如果因合同无效给一方造成了损失，那么受损方有权要求过错方赔偿损失。这包括直接损失和间接损失，如因合同无效而导致的交易机会丧失等。
实际操作中的考虑因素：
- 合同的具体内容：在判断合同是否可以继续执行时，需要仔细审查合同的具体内容，包括各方的权利义务、交易条件、违约责任等。如果合同中的无效部分对整体合同的影响较小，且可以通过修改或补充协议来弥补，那么合同可能仍然可以继续执行。
- 各方的意愿和协商：即使合同中的某一部分被认定为无效，各方仍然可以通过协商来达成新的协议或修改原合同，以继续履行交易。这取决于各方的意愿和合作态度。
- 法律程序和诉讼风险：如果合同被认定为无效，且各方无法就后续处理达成一致，那么可能需要通过法律程序来解决争议。这包括提起诉讼或申请仲裁等。在此过程中，各方需要承担相应的诉讼风险和费用。
建议：
- 在遇到三方签署的购买房屋合同协议中有一方无效的情况时，建议首先仔细审查合同的具体内容，评估无效部分对整体合同的影响程度。
- 如果可能的话，尝试与各方进行协商，寻求达成新的协议或修改原合同，以继续履行交易。
- 如果协商无果或存在争议，建议及时咨询专业律师，了解法律程序和诉讼风险，并制定相应的应对策略。
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