申请确认协议无效是否需要收费，主要取决于所选择的处理方式以及案件是否涉及财产性争议。以下从不同角度为您详细分析：

一、通过法院诉讼确认协议无效

1. 诉讼费：
   • 如果协议无效的争议需要通过法院诉讼解决，那么原告需要预交案件受理费。
   • 不涉及财产的案件：对于单纯请求确认协议无效，且不涉及财产返还、赔偿损失等财产性争议的案件，属于非财产案件。根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，这类案件的诉讼费收费标准为每件50元至100元，具体金额由各地法院根据当地实际情况在这个范围内确定。
   • 涉及财产的案件：如果确认协议无效的案件中同时提出了财产返还、赔偿损失等财产性请求，则该案件被视为财产案件。诉讼费将按照诉讼请求的金额或价额实行分段累计交纳。具体标准如下：

计算公式：例如，若确认协议无效后要求对方返还价值30万元的财产，诉讼费的计算方式如下：1万元需交纳50元；1万元至10万元的部分交纳2250元（9万元×2.5%）；10万元至20万元的部分交纳2000元（10万元×2%）；20万元至30万元的部分交纳1500元（10万元×1.5%）。总计需交纳诉讼费5800元。

1. 其他诉讼费用：

   • 除案件受理费外，还可能产生申请费等其他诉讼费用，如申请证据保全、财产保全等，需根据实际情况交纳相应的申请费用。
   • 证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴等，也根据实际发生的数额由当事人承担。

2. 诉讼费的承担：

   • 诉讼费一般由败诉方负担，但胜诉方自愿承担的除外。
   • 对于部分胜诉、部分败诉的案件，人民法院会根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。

二、通过非诉讼途径确认协议无效

1. 自行协商：

   • 如果双方能够自行协商并达成一致，确认协议无效，那么通常不需要支付任何费用。

2. 仲裁：

   • 如果协议中有仲裁条款，且双方同意通过仲裁解决争议，那么仲裁费用的收取规则由仲裁机构制定。
   • 仲裁费用通常也会基于案件情况和标的额等因素确定，与诉讼收费不同。

三、律师费及其他费用

1. 律师费：

   • 若当事人聘请律师代理确认协议无效事宜，需支付律师费。
   • 律师费数额由委托人与律师事务所根据案件复杂程度、工作量、律师经验及专业水平等因素协商确定，无统一标准。可能采取固定金额收费或按涉案标的额的一定比例收费。

2. 鉴定费等其他费用：

   • 在案件审理过程中，若涉及专门性问题（如协议笔迹、印章真实性鉴定）或需评估协议涉及财产的价值，可能产生鉴定费、评估费等额外费用。
   • 这些费用根据实际发生情况由相关责任方承担。

总结与建议：

• 如果您希望通过法院诉讼确认协议无效，且案件不涉及财产性争议，那么诉讼费相对较低，为每件50元至100元。
• 如果案件涉及财产性争议，诉讼费将根据诉讼请求的金额或价额实行分段累计交纳，具体金额需根据实际情况计算。
• 如果您希望通过非诉讼途径解决争议，如自行协商或仲裁（需有仲裁条款），那么费用情况将有所不同，具体需根据双方协商或仲裁机构的规定确定。
• 在处理此类案件时，建议您先明确案件性质和处理方式，再根据相关规定计算并准备相应的费用。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。