核心结论：若农田被擅自填土，可通过协商、行政投诉、民事诉讼、刑事控告等途径维权，具体如下：
- 协商解决
- 法律依据：根据《民法典》相关规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。擅自填土方可能侵犯了农田所有者或使用者的合法权益，双方可基于相邻关系等法律规定进行友好协商。
- 操作方式：直接与填土方进行沟通，明确指出其行为已经侵犯了自己的权益，要求其停止侵害、恢复原状，并就因此造成的损失进行赔偿。在协商过程中，要注意保留好相关的沟通记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续维权使用。
- 向行政主管部门投诉
- 农业农村部门：农田属于农业用地，农业农村部门对农田的保护和管理负有职责。如果发现农田被擅自填土，可以向当地农业农村部门反映情况，要求其进行调查处理。农业农村部门有权责令填土方停止违法行为，恢复农田原状，并可根据相关规定对其进行处罚。
- 自然资源部门：擅自填土可能涉及到改变土地用途、破坏土地资源等违法行为，自然资源部门负责对土地资源的保护和监管。向自然资源部门投诉后，他们会对该行为进行调查核实，如果确实存在违法行为，会依法进行处理，如责令限期改正、罚款等。
- 生态环境部门：如果填土行为对农田的生态环境造成了破坏，如污染土壤、影响周边水源等，可以向生态环境部门投诉。生态环境部门会进行环境监测和评估，根据污染情况采取相应的治理措施，并对责任方进行处罚。
- 提起民事诉讼
- 诉讼请求：如果协商和行政投诉都无法解决问题，农田所有者或使用者可以向人民法院提起民事诉讼，要求填土方承担民事责任。诉讼请求可以包括停止侵害、排除妨碍、恢复原状、赔偿损失等。
- 证据收集：在提起民事诉讼前，需要收集充分的证据来支持自己的诉讼请求。证据可以包括农田被填土前后的照片、视频，证明农田权属的证书，如土地承包经营权证、土地使用证等，以及因填土行为造成的损失的相关证据，如农作物减产的证明、恢复农田原状所需的费用评估报告等。
- 刑事控告（若构成犯罪）
- 可能涉及的罪名：如果擅自填土的行为情节严重，可能构成犯罪。例如，如果填土方非法占用农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成农用地大量毁坏的，可能构成非法占用农用地罪；如果填土行为是为了非法采矿等目的，还可能涉及非法采矿罪等其他罪名。
- 控告流程：如果发现填土行为可能构成犯罪，可以向当地公安机关报案，要求其立案侦查。公安机关会对报案进行审查，如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任，会立案侦查，并将犯罪嫌疑人移送检察机关审查起诉。在刑事诉讼过程中，农田所有者或使用者可以作为被害人参与诉讼，维护自己的合法权益。