结论：手机银行能否查出来资金来源，取决于多种因素，一般情况下，如果资金流转涉及银行系统记录的关键环节，是有可能查出来资金来源的，但也可能存在无法直接查明的情况。以下从不同角度为你详细分析：

1. 银行记录与资金流向追踪

   • 从银行的操作规范和记录保存机制来看，每一笔资金在银行系统中都有详细的流转记录。当老板使用员工工资卡来处理工程款相关业务时，如果资金是从其他账户转入该工资卡，银行系统会记录转出账户的信息，包括账户名称、账号、转账时间、金额等。在这种情况下，通过手机银行查询交易明细，是可以看到资金的来源账户信息的。
   • 例如，工程款的合作方将款项打入员工工资卡，在手机银行的交易记录中会明确显示这笔转账的对方账户信息，从而可以确定资金来源。

2. 涉及现金存入的情况

   • 如果老板先将工程款以现金形式存入员工工资卡，那么在手机银行的交易记录中，通常只会显示“现金存入”这一交易类型，而不会直接显示资金的原始来源。因为现金没有像银行转账那样有明确的账户流转路径可以追溯。
   • 不过，如果现金存入的过程存在一些特殊情况，比如是在银行柜台存入，且银行工作人员按照规定要求存入人提供了资金来源的相关说明（虽然这种情况比较少见），或者后续通过其他调查手段（如监控录像、证人证言等）能够证明现金的来源，那么也有可能间接查明资金来源，但这已经超出了手机银行查询的范畴。

3. 法律程序与银行配合

   • 在一些法律纠纷或调查案件中，如果相关部门（如公安机关、法院等）依法介入，要求银行提供更详细的资金来源信息，银行有义务配合调查。银行可以通过内部的系统查询和数据分析，提供更全面的资金流转情况，包括可能隐藏在多层转账背后的原始资金来源。
   • 例如，在涉及工程款纠纷、洗钱等违法犯罪行为的调查中，司法机关可以依法冻结相关账户，并要求银行提供详细的交易记录和资金来源分析报告，以查明资金的真实来源和流向。

建议：如果员工发现老板有这种不当使用工资卡的行为，可能会给自己带来一些潜在风险，比如可能被卷入经济纠纷或法律问题中。建议员工及时与老板沟通，要求停止这种行为，并保留好相关的证据（如工资卡的交易记录等）。如果因此遭受了损失或面临法律风险，可以进一步向我咨询具体的应对措施。