公司和员工签订合作协议是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度为你详细分析：

一、协议合法有效的条件

1. 主体合格

   • 公司：必须是依法成立并具有合法经营资格的主体，能够独立承担民事责任，比如取得营业执照的有限责任公司、股份有限公司等。如果公司处于被吊销营业执照、歇业清算等限制行为能力的状态，那么签订的协议可能无效。
   • 员工：需达到法定就业年龄，通常年满16周岁（特殊行业另有规定），具备相应的民事行为能力和劳动能力。若未满18周岁但以自己的劳动收入为主要生活来源，也视为具有民事行为能力。

2. 意思表示真实

   • 协议签订必须基于双方在平等、自愿、公平的基础上真实表达自己的意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。例如，公司不能以虚假承诺高额奖金诱使员工签订长期服务协议，之后却不兑现承诺。

3. 内容合法合规

   • 协议内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益及第三人的合法权益。具体条款如工作时间、劳动报酬、社会保险、劳动保护、保密及竞业限制等应符合相关法律法规要求。比如，约定的工资不能低于最低工资标准，不能要求员工自行承担工伤医疗费用等。

4. 形式符合要求

   • 劳动合同等关键协议应采用书面形式，并可能需要满足盖章、签字、备案等特定形式要件以确保其法律效力。

二、可能无效或部分无效的情形

1. 违反法律法规强制性规定

   • 如协议中存在违法犯罪活动相关的条款，或者约定的内容违背公序良俗，损害社会公共利益或违背商业道德，那么这些条款无效。

2. 存在欺诈、胁迫等情形

   • 一方以欺诈、胁迫手段使对方违背真实意思订立的协议可撤销。比如，公司利用优势地位迫使员工接受不合理的条款，员工在受胁迫的情况下签订了协议，之后员工有权请求撤销该协议。

3. 显失公平

   • 协议内容明显不公平且严重损害一方合法权益时可撤销。例如，公司在员工急需工作的情况下与其签订报酬远低于同行业水平且工作条件恶劣的协议，员工在签订后可以主张撤销该协议。

4. 排除员工主要权利或免除公司主要责任

   • 协议中约定排除员工依法享有的主要权利或免除公司应承担的主要责任的条款无效。比如，约定员工在任何情况下都不得主张加班工资，或者公司对员工人身伤害概不负责等，这些条款都是无效的。

三、特殊情况的处理

1. 亲属关系的影响

   • 员工与公司间的亲属关系本身不影响协议的效力，但在解释和履行时，法院可能会综合考虑此因素。因此，在亲属间签署协议时，建议更明确地约定权利义务以避免纠纷。

2. 空白合同的效力

   • 让员工签署空白合同存在法律风险。若员工能证明是在不知情或被迫情况下签署且合同内容对其不利，该合同可能被视为无效或部分无效。然而，举证责任较重，员工需提供充分证据支持主张。

建议：在签订合作协议前，公司和员工都应仔细审查协议内容，确保协议合法有效。如果对协议内容有疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。