电动自行车以40公里每小时的速度行驶并发生交通事故后，是否按机动车肇事处理，需根据具体情况判断，但通常情况下，若该电动自行车被认定为机动车，则会按机动车肇事处理。以下从多个角度进行分析：
一、电动自行车的法律属性
设计时速与车辆属性：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，电动自行车通常被设计为非机动车，其最高设计时速一般不超过25公里每小时。若电动自行车的实际行驶速度超过这一标准，尤其是达到或超过40公里每小时，其车辆属性可能会受到质疑。
- 在实践中，如果电动自行车在技术参数上（如重量、尺寸、电机功率等）或实际使用中（如速度、行驶方式等）更接近于机动车，那么它有可能被认定为机动车。
认定标准：
- 电动自行车的认定不仅取决于其设计时速，还取决于其整体技术参数和是否符合非机动车的标准。如果电动自行车经过改装或调整，使得其速度、重量等参数超出非机动车的范围，那么它可能被视为机动车。
二、交通事故处理中的车辆属性认定
事故现场勘查：
- 在交通事故发生后，交警部门会对事故现场进行勘查，包括车辆类型、速度、行驶轨迹等。如果电动自行车在事故中的速度达到40公里每小时，且其他技术参数也符合机动车的特征，那么交警部门可能会将其认定为机动车。
技术鉴定：
- 在某些情况下，交警部门可能会委托专业机构对电动自行车进行技术鉴定，以确定其是否属于机动车。鉴定结果将作为事故处理的重要依据。
三、按机动车肇事处理的法律后果
责任划分：
- 如果电动自行车被认定为机动车，那么在交通事故责任划分上，将按照机动车之间的交通事故进行处理。这意味着，如果电动自行车驾驶人存在过错（如超速、闯红灯等），他将承担相应的法律责任。
处罚措施：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，机动车驾驶人违反交通法规的，将面临罚款、扣分、吊销驾驶证等处罚措施。如果电动自行车被认定为机动车，且驾驶人存在违法行为，那么他将受到相应的处罚。
民事赔偿：
- 在交通事故中，如果电动自行车被认定为机动车，且驾驶人存在过错导致他人受损，那么他将承担民事赔偿责任。赔偿范围包括医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金等。
四、建议与注意事项
遵守交通法规：
- 无论电动自行车是否被认定为机动车，驾驶人都应遵守交通法规，确保行车安全。超速行驶不仅会增加事故风险，还可能导致更严重的法律后果。
了解车辆属性：
- 购买电动自行车时，应了解其技术参数和是否符合非机动车的标准。如果车辆被认定为机动车，那么驾驶人需要取得相应的驾驶证并遵守机动车的交通法规。
及时咨询专业律师：
- 如果在交通事故处理过程中遇到法律问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。
总结来说，电动自行车以40公里每小时的速度行驶并发生交通事故后，是否按机动车肇事处理取决于其是否被认定为机动车。如果被认定为机动车，那么将按照机动车之间的交通事故进行处理，并承担相应的法律责任和处罚措施。因此，驾驶人应遵守交通法规，确保行车安全，并在必要时咨询专业律师以获取法律帮助。