针对您提出的“男方父母出资，登记在女方名下，婚内财产协议写的归女方，这种情况法院会如何判决”的问题，这确实是一个涉及复杂法律关系和具体情境判断的问题。以下是我为您提供的详细分析：

一、法律关系及产权归属分析

1. 赠与关系的确认：

   • 若男方父母在出资时明确表示这是对女方的赠与，并且房屋已经登记在女方名下，那么这一行为在法律上通常会被视为赠与的完成。
   • 关键在于赠与的意图是否明确，以及是否有足够的证据来支持这一意图。如果婚内财产协议中明确写明了房屋归女方所有，这可以视为赠与意图的明确表达。

2. 婚内财产协议的效力：

   • 婚内财产协议是夫妻双方在婚姻关系存续期间，就财产的归属、管理、使用、处分以及债务的清偿等事项达成的书面协议。
   • 如果该协议是双方真实意思的表示，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是具有法律效力的。
   • 在您的情况下，如果婚内财产协议明确写明了房屋归女方所有，且这一协议是在双方自愿、平等的基础上签订的，那么法院在判决时很可能会尊重这一协议的效力。

3. 出资性质的考量：

   • 虽然房屋是由男方父母出资购买的，但出资的性质并不直接决定房屋的产权归属。
   • 如果出资被视为对女方的赠与，并且房屋已经登记在女方名下，那么出资的性质就不再是决定房屋产权的关键因素。

二、法院判决的可能走向

1. 尊重婚内财产协议：

   • 如果婚内财产协议明确、合法且有效，法院在判决时很可能会尊重这一协议，将房屋判归女方所有。

2. 考虑其他因素：

   • 尽管婚内财产协议是重要的依据，但法院在判决时也可能考虑其他因素，如双方的经济状况、对家庭的贡献、婚姻持续时间等。
   • 然而，在您的情况下，如果婚内财产协议已经明确写明了房屋的归属，并且没有其他特殊情况（如欺诈、胁迫等），那么这些其他因素可能不会对判决产生决定性影响。

三、建议与注意事项

1. 保留相关证据：

   • 无论情况如何，都应妥善保管与房屋购买、赠与、婚内财产协议等相关的所有证据和材料，如银行转账记录、购房合同、付款发票、婚内财产协议等。

2. 寻求专业法律帮助：

   • 由于此类问题涉及复杂的法律关系和法律规定，建议在处理前咨询专业的律师或法律顾问，以确保自身权益得到最大程度的保护。

3. 友好协商解决：

   • 在可能的情况下，优先通过友好协商的方式解决问题，以避免不必要的法律纠纷和成本。

综上所述，如果男方父母在出资时明确表示赠与女方，并且房屋已经登记在女方名下，同时婚内财产协议也明确写明了房屋归女方所有，那么法院在判决时很可能会将房屋判归女方所有。但具体判决还需根据案件的具体情况和法院的判断来确定。