工程违法分包给个人后，由个人替代开票的行为无效，且可能涉及多重法律风险。以下从不同角度展开分析：

1. 违法分包本身无效，合同关系不受法律保护

根据《中华人民共和国建筑法》第二十八条及《建设工程质量管理条例》第二十五条，建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成，禁止承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位或个人。若工程被违法分包给个人，分包合同自始无效，双方基于违法分包形成的权利义务关系不受法律保护。

2. 替代开票行为构成虚开发票，涉嫌违法

个人不具备开具工程类增值税专用发票的资质（除非通过税务机关代开，但需满足特定条件）。若分包方（个人）通过挂靠、伪造合同等方式虚开发票，或承包方主动要求个人代开发票以虚构成本，可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一的虚开发票罪，或面临《中华人民共和国发票管理办法》中“虚开发票”的行政处罚（如罚款、没收违法所得等）。

3. 税务风险：成本无法合法扣除，可能补缴税款及滞纳金

即使个人通过税务机关代开了普通发票，若分包行为本身违法，税务机关可能认定该成本属于“不合规支出”，不允许承包方在企业所得税前扣除。此时，承包方需补缴企业所得税及滞纳金，甚至面临税务稽查风险。

4. 行政处罚风险：对违法分包双方的双重追责

• 对承包方：根据《建筑法》第六十七条，承包单位将工程分包给不具备资质条件的单位或个人的，可处以罚款、责令停业整顿、降低资质等级等处罚；情节严重的，吊销资质证书。
• 对个人：接受违法分包的个人可能被责令改正，没收违法所得，并处罚款。

5. 民事赔偿风险：工程质量问题需担责

若因违法分包导致工程质量问题，承包方与个人可能需对发包方承担连带赔偿责任。即使双方约定“个人自担风险”，该约定因违法而无效，无法对抗第三方索赔。

建议

1. 立即终止违法分包行为，与具备资质的单位重新签订合法分包合同；
2. 规范发票管理，确保所有成本支出均有合法有效的票据支持；
3. 自查税务合规性，主动向税务机关说明情况，避免被动稽查；
4. 若已涉及虚开发票，尽快补缴税款、接受处罚，降低刑事风险。

如有进一步疑问，可直接向我咨询工程法律或税务合规问题。