销售假冒地理标志农产品的处罚部门主要是市场监督管理部门。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据与部门职责

根据《中华人民共和国商标法》以及相关地理标志保护的规定，地理标志属于商标的一种特殊形式，受到法律的保护。市场监督管理部门作为负责市场监管和行政执法的部门，有权对侵犯地理标志商标权的行为进行查处。这包括销售假冒地理标志农产品的行为，市场监督管理部门可以依法进行调查、取证，并根据情况作出相应的行政处罚。

处罚措施

对于销售假冒地理标志农产品的行为，市场监督管理部门可以采取多种处罚措施，包括但不限于：

1. 责令停止侵权行为：要求销售者立即停止销售假冒地理标志农产品的行为，防止侵权行为的进一步扩大。
2. 没收违法所得：对销售者因销售假冒地理标志农产品所获得的违法所得进行没收，以剥夺其非法利益。
3. 罚款：根据违法行为的情节严重程度，对销售者处以相应数额的罚款。罚款的数额通常根据违法所得的金额、侵权行为的持续时间、影响范围等因素来确定。
4. 销毁侵权商品：对于查获的假冒地理标志农产品，市场监督管理部门可以依法予以销毁，以防止其再次流入市场。

特殊情况与协作机制

在某些特殊情况下，如果销售假冒地理标志农产品的行为涉及跨地区、跨部门或者情节特别严重，市场监督管理部门可能会与其他相关部门（如农业农村部门、公安机关等）进行协作，共同打击侵权行为。这种协作机制有助于形成合力，提高打击侵权行为的效率和效果。

法律建议

1. 增强法律意识：作为农产品销售者，应当增强法律意识，了解并遵守相关法律法规，不销售假冒地理标志农产品。
2. 加强自我保护：在采购农产品时，应当要求供应商提供相关的地理标志证明文件，以确保所采购的农产品是合法的、真实的。
3. 积极配合调查：如果因销售假冒地理标志农产品而受到市场监督管理部门的调查，应当积极配合调查工作，如实提供相关证据和信息，以便尽快解决问题。

如果你在销售农产品过程中遇到任何与地理标志相关的问题，或者对相关法律法规有疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。