针对您提出的“评标后招标代理公司发现投标单位有围标串标，但不是中标单位，应该如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、立即暂停相关活动

一旦发现围标串标行为，无论涉事单位是否中标，招标代理公司都应立即暂停与此次招标相关的所有活动。这是为了防止围标串标行为对后续招标流程造成进一步的影响，确保整个招标过程的公正性和合法性。

二、深入调查核实

1. 组建调查小组：招标代理公司应迅速组建由专业人员组成的调查小组，对涉嫌围标串标的行为进行深入调查。
2. 收集证据：调查过程中，应全面收集相关证据，包括但不限于投标文件、投标报价、投标人之间的通信记录、资金往来情况等。这些证据将有助于确认围标串标行为的存在及其严重程度。
3. 比对分析：对收集到的证据进行比对分析，查找是否存在异常或一致的情况，如报价异常接近、投标文件内容高度相似等，这些都是围标串标的典型特征。

三、向行政监督部门报告

1. 及时报告：初步调查认为存在围标串标可能性时，招标代理公司应及时向建设行政主管部门、财政部门等有关行政监督部门报告，并详细说明调查情况、收集到的证据以及初步判断。
2. 配合调查：在行政监督部门开展进一步调查时，招标代理公司应积极配合，提供必要的协助和支持，确保调查工作的顺利进行。

四、依法处理涉事单位

1. 取消投标资格：经调查确认存在围标串标行为后，招标代理公司应依据相关法律法规和招标文件的规定，取消涉事单位的投标资格。同时，可以没收其投标保证金作为处罚。
2. 记录信用档案：将涉事单位的围标串标行为记入其信用档案，并向社会公布。这将有助于形成有效的信用约束机制，防止类似行为再次发生。
3. 重新招标：如果围标串标行为影响了招标结果的公正性，招标代理公司应重新组织招标活动，确保公平竞争和选择合适的中标人。

五、法律责任追究

1. 行政处罚：行政监督部门将依据情节轻重，依法对围标串标行为人作出罚款、没收违法所得、取消投标资格、吊销营业执照等行政处罚。
2. 刑事责任：对于情节严重、构成犯罪的围标串标行为，行政监督部门将及时移送司法机关，依法追究其刑事责任。

六、加强监管与防范

1. 完善招标制度：招标代理公司应不断完善招标制度，明确招标流程、评标标准等关键环节，减少人为干预和操纵的空间。
2. 提高透明度：加强招标活动的透明度，及时公开招标信息、评标结果等关键内容，接受社会监督。
3. 加强培训与教育：定期对招标代理公司的工作人员进行培训和教育，提高其法律意识和职业道德水平，防止内部人员参与围标串标行为。

综上所述，对于评标后发现的围标串标行为，即使涉事单位不是中标单位，招标代理公司也应采取严肃、合法的措施进行处理，确保招标活动的公正性和合法性。同时，加强监管与防范也是减少此类行为发生的重要途径。