纪检委扣走工程款48万的行为，其性质需根据具体情况和法律依据来判定，可能涉及以下几种情况：

1. 合法扣款行为：

   • 法律依据：如果纪检委在调查过程中发现工程款中存在违法所得或不当利益，如贪污、受贿、挪用公款等，且这些款项与工程款直接相关，那么纪检委有权依据相关法律法规，如《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国监察法》等，对这部分款项进行扣押或冻结。
   • 行为性质：在此情况下，纪检委的行为是合法的，旨在打击腐败，维护国家利益和公共利益。

2. 程序瑕疵或越权行为：

   • 法律依据：纪检委在行使职权时，必须严格遵守法定程序和权限。如果纪检委在扣款过程中未遵循法定程序，如未出具正式的法律文书、未告知当事人权利等，或者扣款行为超出了其法定权限，那么该行为可能构成程序瑕疵或越权。
   • 行为性质：在此情况下，纪检委的行为可能被视为违法或不当，当事人有权依法提出异议或申诉。

3. 错误扣款行为：

   • 法律依据：如果纪检委在调查过程中误将合法工程款当作违法所得进行扣押，或者扣款金额与实际违法所得不符，那么该行为构成错误扣款。
   • 行为性质：在此情况下，纪检委应当及时纠正错误，返还被扣款项，并可能需要对当事人进行赔偿。

针对您的情况，我建议采取以下措施：

• 核实扣款依据：首先，您需要核实纪检委扣款的法律依据和具体事由。要求纪检委出具正式的法律文书，明确扣款的金额、理由和依据。
• 咨询专业律师：如果您对纪检委的扣款行为有异议，或者认为该行为存在程序瑕疵、越权或错误扣款等情况，建议及时咨询专业律师，了解您的权利和救济途径。
• 依法提出异议或申诉：根据律师的建议，您可以依法向纪检委提出异议或申诉，要求其纠正错误行为，返还被扣款项。如果纪检委未予理会或处理不当，您还可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

最后，需要强调的是，纪检委作为国家的监察机关，其职权行使必须严格遵守法律法规和法定程序。如果您对纪检委的扣款行为有任何疑问或异议，都有权依法提出并寻求解决。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。