将公司应收款项转入公司员工个人账户的合法性并非一概而论，而是取决于多种因素的综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
合同明确约定且公司授权：
- 如果合同双方在签订合同时明确约定将款项支付到指定的个人账户，并且该约定得到了公司的明确授权（如出具书面授权书或其他有效证明文件），同时该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种操作是合法的。例如，在某些特定情况下，公司可能出于方便或特定业务需求，授权员工以个人账户接收款项，但这种情况较为特殊，且需要严格的授权和监管。
特殊经营主体或业务模式：
- 对于个人独资企业或个体工商户等特殊经营主体，由于其经营特性，合同款打入个人账户可能是其正常的经营方式之一。但即便如此，也应确保相关操作符合税收管理等相关法律法规的要求，避免逃税漏税等违法行为。
- 另外，在某些特定的业务模式中，如自由职业者或独立承包商与公司合作时，双方可能约定将款项支付到个人账户。这种情况下，只要合同合法有效且符合相关法律法规，也是合法的。
违法情形及后果
职务侵占或挪用资金：
- 如果公司员工未经公司授权，利用职务之便将本应支付给公司的合同款打入自己的个人账户，并长期占为己有或用于个人投资等营利活动，这可能涉嫌职务侵占罪或挪用资金罪。这些行为不仅违反了公司法律法规，还可能对公司造成严重的经济损失和信誉损害。
逃税漏税：
- 企业将合同款故意打入个人账户，以此隐瞒公司真实收入并逃避缴纳税款的行为属于违法行为。税务机关一旦查实，企业将面临补缴税款、滞纳金以及罚款等行政处罚；情节严重的，还可能被追究刑事责任。
违反财务管理制度：
- 在国有企业、大型企业或特定行业中，严格的财务管理制度和资金收付规范对于维护企业的正常运营至关重要。将合同款打入个人账户的行为如果违反了这些规定，即便不涉及刑事犯罪，也可能面临企业内部的纪律处分，并可能影响企业的信用记录和融资能力。
法律纠纷与风险：
- 将合同款打入个人账户还可能导致合同履行过程中的瑕疵和严重的法律纠纷。例如，当收款方为公司时，若将款项转账至个人账户，可能产生公司资产与个人资产混合不清的问题，进而引发一系列的法律争议和风险。
建议与指导
明确合同约定和公司授权：
- 在签订合同时，应明确指定收款方为企业或法人账户，以避免后续出现不必要的纠纷。如果确实需要将合同款打入个人账户，应在合同中明确约定并说明合理理由，同时确保得到公司的明确授权。
遵守法律法规和财务管理制度：
- 在进行合同款项转账时，务必严格遵守相关法律法规和财务管理制度的要求。对于任何涉嫌违法的行为，都应坚决予以抵制并及时向相关部门报告。
加强内部管理和监督：
- 企业应加强内部管理和监督，建立健全的财务管理制度和资金收付规范。对于员工的违规行为，应及时发现并予以纠正和处理，以维护企业的正常运营和信誉。
保存转账凭证和相关证据：
- 在转账完成后，务必保存好转账凭证和相关证据材料。这些凭证对于日后查询、解决纠纷以及维护自身权益具有重要意义。
综上所述，将公司应收款项转入公司员工个人账户的合法性需要根据具体情况来判断。在进行相关操作时，务必严格遵守法律法规和合同约定，以确保交易的合法性和安全性。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。