在刑事控告案件中，即使已经经过民事二审判决，公安机关的立案仍需由县级以上公安机关负责人批准。以下是对这一问题的详细分析：

立案批准的法律依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关规定，公安机关在接到报案、控告、举报或自首材料后，经过审查认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，应当立案。而立案的决定权，通常掌握在县级以上公安机关负责人手中。这意味着，无论是何种类型的刑事案件，包括那些已经经过民事二审判决的案件，其立案决定都需要经过这一层级的批准。

立案批准的流程

1. 接受材料：公安机关首先会接受报案人、控告人、举报人或自首人提供的与案件有关的材料。
2. 审查材料：接着，公安机关会对这些材料进行审查，以判断是否存在犯罪事实以及是否需要追究刑事责任。
3. 作出决定：如果审查后认为符合立案条件，公安机关负责人会作出立案决定，并指定侦查人员开展侦查工作。

特殊情况下的立案

• 已经民事判决的案件：即使案件已经经过民事二审判决，如果发现其中存在犯罪行为，如诈骗、伪造证据等，仍然可以向公安机关报案。公安机关在审查后，如果认为符合刑事立案条件，会依法立案侦查。
• 跨区域案件：对于跨区域的重大刑事案件，必要时可以由共同的上级公安机关指定管辖或直接办理。但无论如何，立案决定仍需由相应层级的公安机关负责人批准。

立案后的侦查与诉讼

• 侦查阶段：立案后，公安机关会依法开展侦查工作，收集证据、查明事实。
• 诉讼阶段：侦查终结后，如果认为犯罪事实清楚、证据确实充分，公安机关会将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院审查后，如果认为符合起诉条件，会向人民法院提起公诉。

注意事项

• 及时报案：如果发现犯罪行为，应及时向公安机关报案，以便公安机关及时开展侦查工作。
• 配合调查：在立案后，报案人、控告人、举报人或自首人应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和证据。
• 法律程序：整个立案、侦查、诉讼过程都需严格遵循法律程序，确保案件的公正处理。

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