结论：当公司法人欠公司款项时，公司可以采取多种措施来维护自身权益，具体措施需根据欠款性质、证据收集情况以及公司内部管理状况等因素综合确定。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、明确欠款性质与证据收集
确认欠款事实：
- 首先，需要核实欠款的具体金额、用途及还款期限，确保欠款事实清晰明确。
- 收集并整理所有能够证明欠款事实的证据，如借款合同、转账记录、欠条、电子邮件、短信、聊天记录等。这些证据将作为后续追讨欠款的重要依据。
区分欠款类型：
- 如果欠款是因法人个人原因向公司借款，应视为普通债权债务关系，按照个人债务处理。
- 如果欠款是因法人履行职务行为产生的费用垫付，需根据具体情况判断是否应由公司承担或报销，并据此调整追讨策略。
二、内部沟通与协商
与公司法人沟通：
- 在确认欠款事实后，首先尝试通过友好协商的方式解决欠款问题。可以与公司法人进行面对面沟通，了解其还款意愿和还款能力。
- 在沟通过程中，明确表达公司的诉求和期望，同时听取公司法人的意见和困难，共同商讨出合理的还款计划。
召开股东会或董事会：
- 如果公司法人不配合还款或协商无果，可以召开股东会或董事会讨论解决方案。
- 通过决议要求公司法人限期还款，并明确逾期后果和责任承担方式。这有助于增强公司内部的凝聚力和执行力，推动欠款问题的解决。
三、法律途径追讨欠款
发送催款函：
- 在协商无果的情况下，可以委托律师发送催款函给公司法人。催款函中应明确欠款金额、还款期限及逾期后果，要求公司法人限期还款。
- 催款函具有正式性和法律效力，能够对公司法人形成一定的压力，促使其尽快还款。
提起诉讼：
- 若催款函无果，公司可以向法院提起诉讼，要求公司法人偿还欠款。在诉讼过程中，需提供充分证据证明欠款事实及公司法人的违约行为。
- 法院将依法审理案件，并作出判决。如果判决支持公司的诉讼请求，公司法人需按照判决履行还款义务。
申请强制执行：
- 如果法院判决支持公司的诉讼请求，但公司法人仍不履行还款义务，公司可以申请法院强制执行。
- 法院有权查封、扣押、拍卖公司法人的财产以偿还欠款。这有助于确保公司的权益得到切实保障。
四、特殊情形下的处理
公司法人同时为公司股东：
- 如果公司法人同时为公司股东且存在抽逃出资等行为，公司可以要求其返还抽逃的出资本息，并可主张其他股东、董事、高管承担相应的连带责任。
- 这需要公司收集充分的证据证明股东的抽逃出资行为，并通过法律途径追究其责任。
涉嫌刑事犯罪：
- 如果公司法人的行为涉嫌挪用资金罪、职务侵占罪等刑事犯罪，公司应及时向公安机关报案。
- 公安机关将依法进行调查处理，追究公司法人的刑事责任。这有助于维护公司的合法权益和社会的公平正义。
五、预防措施与建议
完善公司内部管理制度：
- 建立健全的财务管理制度，规范公司资金的借贷和使用流程。明确资金使用的审批权限和程序，防止类似情况再次发生。
- 加强对公司法人的监督和管理，确保其依法履行职责和义务。
加强法律意识培训：
- 提高公司员工的法律意识，特别是关于债权债务关系的法律规定。确保公司在处理类似问题时能够依法行事，维护自身合法权益。
- 定期组织法律培训活动，邀请专业律师进行授课和解答疑问，提升员工的法律素养和风险防范能力。
总结：当公司法人欠公司款项时，公司应首先明确欠款性质并收集充分证据，然后通过内部沟通与协商、法律途径追讨欠款等方式来维护自身权益。在特殊情形下，还需考虑追究股东责任或报案处理。同时，公司应完善内部管理制度并加强法律意识培训，以预防类似情况再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。