结论前置：政府采购合同的合法性审查主要依据《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例，同时参考《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定。此外，若采购项目涉及招标，还需遵循《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例；若涉及特定行业，还需遵守该行业的相关法律法规。
一、主要法律依据
《中华人民共和国政府采购法》及其实施条例：
- 核心内容：该法对政府采购合同的订立、履行、变更、终止等各个环节均作出了详细规定，是审查政府采购合同合法性的主要依据。例如，它规定了采购合同的订立程序、合同内容不得对采购文件和中标文件进行实质性修改等要求。
- 实施条例：进一步细化了《政府采购法》的规定，为处理政府采购合同纠纷或审查合同合法性提供了更为具体的操作指南。
《中华人民共和国民法典》合同编：
- 适用情形：在《政府采购法》及其实施条例没有规定的情况下，适用《民法典》合同编的有关规定。
- 核心内容：涵盖了合同的成立、生效、违约责任、合同解释等一般规则，为政府采购合同的订立和履行提供了重要的法律依据。例如，它规定了合同双方的权利义务、违约责任的承担方式等。
《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例：
- 适用情形：若政府采购项目采用招标方式进行，则需遵守《招标投标法》及其实施条例的规定。
- 核心内容：规定了招标、投标、开标、评标、定标等程序，确保采购过程的公平、公正、公开。这些规定与《政府采购法》及其实施条例相互补充，共同保障采购活动的合法性。
特定行业法律法规：
- 适用情形：若政府采购项目涉及特定行业（如环保、医疗、建筑等），则还需遵守该行业相关的法律法规。
- 示例：在建筑工程项目中，除上述法律外，还应遵循《建筑法》《建设工程质量管理条例》等关于工程建设质量标准、施工资质等方面的规定。
二、合法性审查的关键点
在审查政府采购合同的合法性时，应重点关注以下几个方面：
- 合同订立程序：检查合同是否按照法定程序订立，包括采购方式的选择、招标文件的编制、投标文件的接收与评审等。
- 合同内容：确保合同内容符合法律法规的规定，不得对采购文件和中标文件进行实质性修改，且合同条款应明确、具体、无歧义。
- 合同履行：检查合同双方是否按照合同约定全面履行义务，包括货物的交付、服务的提供、款项的支付等。
- 变更与终止：确保合同变更或终止符合法律法规的规定，且双方当事人不得擅自变更、中止或终止合同。
三、建议与注意事项
- 加强法律学习：采购人和供应商应加强对相关法律法规的学习，确保采购活动的合法性和规范性。
- 完善合同管理：建立健全合同管理制度，明确合同管理的职责和流程，确保合同的订立、履行、变更、终止等各个环节均得到有效管理。
- 及时咨询法律专业人士：在采购过程中遇到法律问题时，应及时咨询法律专业人士，以获取专业的法律意见和建议。
如有任何关于政府采购合同合法性审查的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。