结论：信用卡逾期协商只还了本金后，APP显示还有利息未还，这可能是协商方案未完全覆盖所有费用、协商后仍有部分利息产生或银行系统未及时更新等原因导致的。以下是对此问题的详细分析：

一、协商方案未完全覆盖所有费用

在信用卡逾期协商过程中，有时可能仅就本金部分达成了还款协议，而利息、滞纳金等其他费用并未包含在内。这种情况下，即使你按照协商方案还清了本金，APP上仍会显示有利息未还。

建议：

1. 回顾协商时的相关记录或协议，确认是否包含了所有应还款项。
2. 如果发现协商方案确实未覆盖所有费用，可以与银行再次沟通，尝试就剩余费用进行协商或制定新的还款计划。

二、协商后仍有部分利息产生

在协商还款期间，如果信用卡账户仍有新的交易产生，或者银行按照合同约定继续计算利息，那么即使你按照协商方案还款，也可能会有新的利息产生。

法律依据与解释：

• 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款人应当按照约定的期限支付利息。如果协商还款期间仍有利息产生，且该利息符合合同约定或法律规定，那么借款人需要承担还款责任。

建议：

1. 检查信用卡账户在协商还款期间是否有新的交易产生。
2. 与银行确认利息的计算方式和依据，确保利息的收取符合合同约定或法律规定。
3. 如果认为利息收取不合理，可以与银行协商调整或寻求法律途径解决。

三、银行系统未及时更新

有时，即使你已经按照协商方案还清了本金和部分利息，但由于银行系统更新延迟或数据同步问题，APP上可能仍会显示有利息未还。

建议：

1. 等待一段时间后再次查看APP，看利息是否已更新为已还状态。
2. 如果长时间未更新，可以联系银行客服，提供还款凭证和协商记录，要求银行尽快更新系统数据。

四、其他可能的情况

除了上述三种情况外，还可能存在其他导致APP显示有利息未还的原因，如银行内部系统错误、协商方案执行过程中的误解等。

建议：

1. 与银行保持密切沟通，及时了解账户状态和还款情况。
2. 如果发现任何异常或疑问，及时要求银行提供详细解释和解决方案。

后续行动建议：

• 保留好所有与银行的沟通记录和协商协议，以备不时之需。
• 如果对银行的解释或处理结果不满意，可以考虑向相关监管部门投诉或寻求法律途径解决。

在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。