结论：员工旷工时，扣工资需遵循合法、合理原则，不能随意扣除，且旷工一天与三天的扣法在本质上没有区别，均需依据公司规章制度及国家法律法规进行，但具体扣除金额可能因旷工天数不同而有所差异。
详细分析：
合法性原则：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
- 这意味着，即使员工旷工，用人单位也不能随意扣除其工资，扣除的部分需受到上述规定的限制。
合理性原则：
- 旷工扣工资应基于公司合理的规章制度，这些规章制度应经过民主程序制定，并公示或告知员工。
- 规章制度中应明确旷工的定义、旷工的扣款标准以及旷工达到一定天数时的处理措施（如警告、记过、解雇等）。
旷工一天与三天的扣法区别：
- 本质上无区别：无论是旷工一天还是三天，扣工资的原则都是合法、合理，且需遵循公司规章制度及国家法律法规。
- 具体扣除金额可能不同：根据公司的规章制度，旷工一天可能扣除一定比例的日工资，而旷工三天则可能扣除更多，甚至可能达到当月工资的20%上限（但需注意，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准）。
- 处理措施可能升级：旷工天数越多，用人单位可能采取的处理措施越严厉，如从警告升级到记过，甚至解雇。
实际操作建议：
- 制定明确的规章制度：用人单位应制定明确的旷工扣款及处理措施规章制度，并确保这些制度经过民主程序制定，且已公示或告知员工。
- 合法合规操作：在扣除旷工员工工资时，用人单位应确保扣除的金额合法合规，不得超过当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 保留证据：用人单位应保留员工旷工的证据，如考勤记录、监控录像等，以便在需要时证明员工的旷工行为。
示例说明：
假设某员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若该员工旷工一天，根据公司规章制度，可能扣除其日工资的200元（假设日工资为5000/21.75≈230元，但为简化计算，这里取200元作为示例）。若旷工三天，则可能扣除600元，但需注意，若扣除600元后，员工当月工资低于2000元，则用人单位只能扣除至员工当月工资为2000元为止。
后续行动建议：
若您作为用人单位或员工，对旷工扣工资的具体操作有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细的法律建议和操作方案。