结论前置：员工旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。这一结论主要基于我国《劳动法》、《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》中的相关规定，同时从法理角度也显得不公平合理。
详细分析
法律法规的明确性：
- 我国《劳动法》和《劳动合同法》均明确规定，用人单位应按时足额支付劳动者劳动报酬，并未赋予用人单位对员工进行罚款的权利。这意味着，用人单位不能随意扣除员工的工资作为惩罚。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且扣除部分不得超过月工资的20%，同时需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，因此直接扣三天工资缺乏法律依据。
法理角度的考量：
- 从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，这损害了劳动者的合法权益，也破坏了劳动关系的和谐稳定。
规章制度的有效性：
- 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。即使满足这些条件，司法实践中也可能因过度惩罚而被视为不合理，从而不被支持。
劳动者的应对措施：
- 面对不合理的克扣工资行为，劳动者首先应与用人单位协商解决，表达自己的诉求和理由。
- 如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
- 劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
综合建议
- 用人单位：在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。规章制度应合理、公平，并充分考虑员工的权益和感受，以维护劳动关系的和谐稳定。
- 劳动者：在遇到类似纠纷时，应了解自己的权益，并采取适当的法律措施来维权。如果对扣款有疑问或不满，有权与用人单位沟通，并寻求专业的法律帮助。
示例说明：假设某员工月工资为5000元，日工资约为229.89元（5000元/21.75天）。如果该员工旷工一天，用人单位只能不支付当天的工资229.89元，而不能额外扣除两天的工资。如果用人单位违反了这一规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总之，员工旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。