针对您提出的“有土地使用证但占用林地该怎么处理”的问题，以下是一套详细且有条理的应对策略，希望能帮助您妥善解决这一问题：
一、明确占用性质
首先，您需要确定占用林地的行为是合法还是非法。
合法占用：
- 如果占用行为是经过合法审批的，比如为了国家重大基础设施建设等公共利益需要，那么您需要关注补偿标准是否合理、程序是否合法。
- 在这种情况下，虽然您可能无法直接阻止占用，但应积极配合并保留自己的维权权利，确保获得应有的补偿。
非法占用：
- 如果占用行为没有合法审批手续，即属于非法占用，如擅自开垦、建设、堆放等，那么这明显侵犯了您的合法权益。
- 您需要采取积极措施来维护自己的权益，包括收集证据、协商解决、法律途径等。
二、收集证据
在确定占用性质后，您需要开始收集相关证据，以支持您的维权行动。
证明土地权属：
- 您的土地使用证（或林权证，如果林地已单独确权）是核心证据，它详细记载了林地的位置、面积、四至等信息。
- 请务必保存好原件，并在必要时复印或拍照留存。
占用情况证据：
- 通过拍照、录像等方式记录占用现状，包括占用的范围、现状（如建筑物、农作物等）。
- 收集现场证人证言，以增强证据链的完整性。
其他相关证据：
- 与占用方的沟通记录，如通话录音、短信、微信聊天记录等。
- 任何与占用前的协商、承诺相关的记录，这些都有助于确定责任和后续处理。
三、协商解决
在收集完证据后，您可以尝试与占用方进行友好协商。
直接沟通：
- 指出占用行为的违法性（如果为非法占用），并要求停止侵害、恢复土地原状。
- 保留沟通记录，作为后续处理的依据。
寻求第三方调解：
- 如果直接沟通效果不佳，您可以寻求村委会、居委会或林业部门等第三方调解。
- 配合调解过程，表达您的合理诉求，争取达成和解协议。
四、法律途径
如果协商解决无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
行政投诉：
- 向当地林业主管部门投诉非法占用情况，提供充分证据。
- 协助林业部门开展调查，要求查处并责令恢复原状。
民事诉讼：
- 如果占用行为给您造成了经济损失，您可以向人民法院提起民事诉讼。
- 要求赔偿损失、恢复原状等，并按照法律程序提交证据、参加庭审。
刑事控告：
- 如果非法占用行为情节严重，达到刑事立案标准，您可以向公安机关报案。
- 追究占用方的刑事责任，以维护法律尊严和您的自身权益。
五、注意事项
在整个处理过程中，您需要注意以下几点：
- 保持冷静和理智，依法维权，避免过激行为。
- 积极配合相关部门的工作，提供必要的协助和支持。
- 如果对土地承包及权属有争议，您可以申请镇政府调解或向林业部门申请复议。
综上所述，面对有土地使用证但占用林地的情况，您应首先确定占用性质，然后积极收集证据，尝试通过协商、调解等方式解决纠纷。如果无法达成共识，可依法向林业主管部门投诉或向人民法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。