结论：同一天内因未佩戴头盔驾驶摩托车被多次抓拍，通常不会多次罚款扣分，但具体需结合地方性法规及执法实践判断。

1. 从法律原则看，行政处罚遵循“一事不再罚”原则
   根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。未佩戴头盔属于“同一违法行为”，即使被不同路段的电子眼抓拍或交警多次发现，理论上应按一次违法行为处理，仅处罚一次。

2. 实践中可能存在例外情形

   • 地方性法规差异：部分地区可能通过地方立法对“多次抓拍”作出特殊规定（如按“不同时段”或“不同路段”认定为多次违法行为），但此类规定需严格符合上位法，且实践中较少见。
     
   • 执法尺度差异：若驾驶人被交警当场拦下处罚后，又因未纠正行为被再次抓拍，可能被认定为“新的违法行为”，但需以执法部门认定为准。
     
   • 技术性重复抓拍：若因系统误判或设备故障导致同一行为被多次记录，驾驶人可申请行政复议或诉讼撤销多余处罚。

3. 建议处理方式

   • 保留证据：若收到多张罚单，需核对违法时间、地点是否完全一致，确认是否为同一行为。
     
   • 申请复核：向交警部门提出书面异议，说明情况并申请合并处罚或撤销重复处罚。
     
   • 咨询当地交管部门：部分地区对“多次抓拍”有明确解释（如“同一路段1小时内不重复处罚”），需以当地政策为准。

总结：同一天内因未佩戴头盔被多次抓拍，原则上仅处罚一次，但需结合地方规定和执法实践判断。如有疑问，可直接向我提供具体罚单信息，我会进一步分析。