违反《食品安全法》第六十五条的处罚主要依据违法行为的性质和严重程度来确定，具体处罚措施包括责令改正、警告、罚款、停产停业以及吊销许可证等。以下是对该问题的详细分析：
一、法律要求
《食品安全法》第六十五条主要规定了食用农产品销售者应当建立食用农产品进货查验记录制度，如实记录食用农产品的名称、数量、进货日期以及供货者名称、地址、联系方式等内容，并保存相关凭证。记录和凭证保存期限不得少于六个月。这是为了确保食用农产品的来源可追溯，保障食品安全。
二、处罚措施
初步处罚：
- 如果食用农产品销售者未遵守上述规定，县级以上人民政府食品安全监督管理部门将首先责令其改正，并给予警告。这是为了提醒销售者立即纠正违法行为，避免进一步的法律后果。
拒不改正的处罚：
- 如果销售者在收到责令改正通知和警告后仍未进行整改，监管部门将对其处以罚款。具体罚款金额将根据违法的严重程度、涉及食用农产品的数量、可能造成的危害后果等因素来确定，但一般会有一定的罚款幅度，如五千元以上五万元以下（具体数额需根据最新法律法规及地方实施细则确定，此处为示例性表述）。
情节严重的处罚：
- 对于多次违法、造成食品安全事故隐患或对消费者健康造成实际损害等严重情节，监管部门将采取更严厉的措施，包括责令停产停业，让销售者暂停经营活动进行整顿。
- 若情节特别严重，还将吊销其食品经营许可证，这意味着销售者将失去继续从事相关食品经营活动的资格。
三、实际案例与法律后果
- 在实际执法过程中，已有不少食用农产品销售者因未遵守进货查验记录制度而受到处罚。这些处罚不仅涉及罚款，还包括责令改正、警告等措施。对于情节严重的，甚至被吊销了食品经营许可证，对其经营活动造成了严重影响。
四、建议与措施
- 加强内部管理：食用农产品销售者应建立完善的进货查验记录制度，确保所有进货的食用农产品都有详细的记录和凭证。
- 定期自查自纠：销售者应定期对进货查验记录制度进行自查自纠，确保制度的执行和记录的准确性。
- 积极配合监管：在接到监管部门的责令改正通知或警告后，销售者应积极配合整改工作，避免进一步的法律后果。
总结：
违反《食品安全法》第六十五条将面临严厉的处罚措施，包括责令改正、警告、罚款、停产停业以及吊销许可证等。因此，食用农产品销售者应严格遵守相关法律法规要求，建立完善的进货查验记录制度，确保食品安全和消费者健康。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。