军官首长犯罪，军事法院会根据犯罪事实、性质、情节及社会危害程度，依法进行审判并作出相应判决。具体处理流程及要点如下：

1. 管辖与立案
   根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及《中国人民解放军军事法院审判工作规定》，军事法院对现役军官犯罪案件具有专属管辖权。案件通常由犯罪行为发生地、结果地或被告人所在地的军事法院立案，涉及军职以上干部的案件可能由上级军事法院指定管辖。

2. 侦查与起诉
   案件由军队保卫部门负责侦查，侦查终结后移送军事检察院审查起诉。军事检察院需全面审查证据，确认犯罪事实清楚、证据充分后，向军事法院提起公诉。若证据不足或存在非法取证情形，检察院可作出不起诉决定或退回补充侦查。

3. 审判程序
   军事法院审判遵循“公开审判、辩护、回避”等基本原则，但涉及国家秘密或个人隐私的案件可不公开审理。审判过程中，被告人有权委托辩护人（可由军队律师或地方律师担任），法院需保障其辩护权。对于可能判处无期徒刑、死刑的案件，或社会影响重大的案件，通常由中级以上军事法院组成合议庭审理。

4. 量刑与执行
   量刑依据《中华人民共和国刑法》及军事法规，结合犯罪性质、情节、社会危害程度及被告人认罪态度等因素综合判定。例如，贪污贿赂、滥用职权等职务犯罪可能面临更严厉的刑罚。判决生效后，由军队执行机关负责刑罚执行，涉及死刑的需报最高人民法院核准。

5. 特殊情形处理

   • 军地互涉案件：若犯罪行为同时涉及地方人员或地方利益，可能由军事法院与地方法院协商管辖，或通过联合审判机制处理。
     
   • 战时犯罪：根据《刑法》第四百五十一条，战时违抗命令、临阵脱逃等行为可能构成战时犯罪，量刑标准较平时更严格。
     
   • 自首与立功：被告人主动投案或揭发他人犯罪的，可依法从轻或减轻处罚。

提示：军事司法程序与地方法院存在差异，具体案件需结合犯罪事实、证据及军事法规综合分析。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。