当被告人是企业法人时，处理方式与自然人被告人有所不同，但核心仍围绕法律程序和实体责任展开。以下是具体处理方式及要点：

1. 诉讼主体资格确认
   企业法人作为被告时，需确认其诉讼主体资格。根据《民法典》第六十条，法人以其全部财产独立承担民事责任。因此，诉讼中需明确企业法人的全称、统一社会信用代码、住所地等基本信息，并提交营业执照等证明文件。若企业法人被吊销营业执照但未注销，仍可作为被告参与诉讼，但需注意其责任能力可能受限。

2. 代表人参与诉讼
   企业法人作为被告时，需由法定代表人或负责人代表参与诉讼。根据《民事诉讼法》第五十一条，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。若法定代表人无法参与，可由企业授权的其他负责人或员工作为诉讼代理人，但需提交授权委托书及身份证明文件。

3. 责任承担方式
   企业法人的责任承担以财产为限，不涉及个人财产（除非存在法人人格否认情形）。根据《公司法》第二十条，若股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害债权人利益的，可“刺破公司面纱”，要求股东对公司债务承担连带责任。因此，在诉讼中需审查企业法人的财产独立性，避免股东通过转移财产等方式逃避责任。

4. 执行阶段处理
   若判决企业法人承担责任，执行阶段需以其名下财产为限。根据《民事诉讼法》第二百四十三条，被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，法院有权查封、扣押、冻结、拍卖、变卖其应当履行义务部分的财产。若企业法人无财产可供执行，可申请将其列入失信被执行人名单，并限制其高消费行为。

5. 特殊情形处理

   • 分支机构作为被告：若分支机构以自己名义从事民事活动产生的民事责任，先由分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
     
   • 企业合并/分立：根据《民法典》第六十七条，企业合并的，由合并后的法人承担责任；企业分立的，由分立后的法人承担连带责任，但另有约定的除外。
     
   • 清算阶段企业：若企业法人处于清算阶段，需以清算财产为限承担责任；若清算义务人未履行清算义务导致债权人损失，可追究清算义务人的赔偿责任。

建议：若您作为原告或被告涉及企业法人诉讼，需重点关注企业法人的财产状况、股东责任及清算程序，避免因程序瑕疵导致权益受损。如有具体案件，可进一步向我咨询，我将结合案情提供详细方案。