结论：若公司商标被撤三且答辩时没有代理，可以通过商标局官方网站进行网上答辩。以下是详细的网上答辩流程及注意事项：
一、网上答辩流程
准备答辩材料：
- 答辩书：需详细阐述商标的使用情况、未使用的原因（如有合理理由）、商标的知名度及市场影响力等，以证明商标的有效性和使用价值。
- 证据材料：包括商标的使用证据（如销售合同、发票、广告宣传资料等）、商标注册证书、商标续展证明等，以支持答辩书的观点。
登录商标局官方网站：
注册并登录账号：
- 若尚未注册，需按照网站指引完成注册流程，获取用户名和密码。
- 使用注册好的账号登录系统。
选择答辩类型并填写信息：
- 在系统中选择“撤三答辩”或相关类型。
- 填写商标信息、答辩人信息、答辩理由等必要内容。
上传答辩材料：
- 按照系统要求，将准备好的答辩书和证据材料逐一上传。
- 确保上传的文件清晰、完整，且符合系统要求的格式和大小。
提交答辩并等待审核：
- 确认所有信息无误后，提交答辩申请。
- 等待商标局审核，期间可关注系统通知或邮件提醒，以了解审核进度。
二、注意事项
答辩期限：
- 需在收到商标局发出的《关于提供注册商标使用证据的通知》之日起两个月内提交答辩材料。逾期未提交的，商标局将视为放弃答辩权利，可能直接撤销商标。
材料真实性：
- 提交的答辩材料必须真实、有效，不得伪造或篡改。如发现虚假材料，商标局将依法予以处理，并可能影响商标的后续保护。
答辩策略：
- 在撰写答辩书时，应针对撤三理由进行有针对性的反驳，突出商标的使用情况和价值。
- 可结合商标的历史使用记录、市场影响力、消费者认知度等方面进行阐述，以增强答辩的说服力。
法律咨询：
- 若对答辩流程或法律条款存在疑问，可随时向我咨询。作为专业律师，我将为你提供详细的法律解释和答辩建议。
三、后续行动
- 关注审核结果：提交答辩后，需密切关注商标局的审核结果。如审核通过，商标将继续有效；如审核不通过，商标可能被撤销。
- 考虑复审或诉讼：若对商标局的撤销决定不服，可在收到决定之日起十五日内向国家知识产权局申请复审，或直接向人民法院提起诉讼。
建议：商标撤三答辩是一项专业性较强的工作，涉及法律条款的适用和证据材料的准备。若公司缺乏相关经验或资源，建议寻求专业律师的协助，以确保答辩的质量和效果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。