涉嫌运输毒品的车辆，在案件调查期间通常会被扣押。这是基于刑事诉讼法的相关规定以及案件调查的实际需要。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押。运输毒品的车辆，作为可能涉及犯罪活动的工具，显然属于这一范畴。因此，公安机关有权依法扣押，以进行进一步的调查和证据收集。

二、扣押目的

1. 证据收集：车辆可能留有与毒品运输相关的痕迹、物证等，如毒品残留、运输路线记录等，这些对于证明犯罪嫌疑人的罪行至关重要。
2. 防止继续犯罪：扣押车辆可以防止犯罪嫌疑人利用同一车辆继续实施毒品运输等犯罪活动，从而保护社会公共安全。
3. 保障诉讼顺利进行：在案件审理过程中，车辆作为重要物证，其扣押可以确保诉讼的顺利进行，防止因车辆灭失或损坏而影响案件的审理。

三、扣押程序

1. 扣押决定：公安机关在侦查过程中，认为需要扣押车辆的，应当制作扣押决定书，并载明扣押的理由、依据以及车辆的名称、型号、特征等信息。
2. 执行扣押：公安机关应当持扣押决定书，依法对车辆进行扣押，并开具扣押清单，由侦查人员、见证人和车辆所有人或持有人签名或盖章。
3. 保管与处理：扣押的车辆应当妥善保管，不得使用、调换或损毁。在案件审理终结后，根据判决结果，车辆可能会被依法没收、返还或作其他处理。

四、特殊情况

1. 车辆与犯罪无关：如果经过调查，车辆与毒品运输犯罪无关，或者犯罪嫌疑人能够证明车辆并非用于犯罪活动，那么车辆应当及时返还给所有人或持有人。
2. 紧急情况下的先行扣押：在紧急情况下，如犯罪嫌疑人可能逃逸、车辆可能被转移或销毁等，公安机关可以先行扣押车辆，并在扣押后及时补办相关手续。

五、法律建议

1. 配合调查：如果车辆被扣押，车主或持有人应当积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和信息。
2. 了解程序：车主或持有人有权了解车辆被扣押的理由、依据以及后续处理程序，并可以依法提出异议或申请复议。
3. 寻求法律帮助：如果车主或持有人对车辆扣押有疑问或不满，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总之，涉嫌运输毒品的车辆在案件调查期间通常会被扣押，这是基于法律的规定和案件调查的需要。车主或持有人应当了解相关程序和法律权利，并在必要时寻求专业的法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。