在合同约定了所有权保留登记，且法院支持取回设备的情况下，已支付的货款通常需要根据具体情况进行返还或抵扣处理，具体如下：

1. 货款返还与设备取回的关联性
   根据《民法典》第六百四十二条，所有权保留买卖中，买受人未按约定支付价款或完成特定条件时，出卖人有权取回标的物。若法院支持取回设备，原则上已支付的货款需根据合同履行情况处理：

   • 若买受人未支付大部分货款：出卖人取回设备后，通常无需返还已收货款，但需扣除设备折旧或使用价值损耗（如有约定）。
     
   • 若买受人已支付大部分货款：法院可能根据公平原则，要求出卖人返还部分货款，或允许买受人通过支付剩余价款保留设备（即“回赎权”）。

2. 合同条款的优先适用
   若合同明确约定了所有权保留登记的具体规则（如取回条件、货款处理方式），法院会优先依据合同约定判决。例如：

   • 合同可能规定“买受人违约时，出卖人有权取回设备且已付货款不予退还”；
     
   • 或约定“出卖人取回设备后，需按使用年限折价返还部分货款”。
     建议：立即审查合同条款，明确双方权利义务边界。

3. 买受人的抗辩与救济
   买受人可主张以下抗辩或救济：

   • 设备价值贬损：若设备因使用或市场变化贬值，可要求出卖人返还货款时扣除合理损耗；
     
   • 合同解除权：若出卖人根本违约（如设备存在质量问题），买受人可能主张解除合同并要求全额退款；
     
   • 回赎权：在法院判决取回后，买受人通常有权在合理期限内支付剩余价款，重新取得设备所有权。

4. 实务操作建议

   • 出卖人：取回设备前应评估设备现状，保留使用痕迹、折旧证据；若需返还货款，可要求买受人签署书面协议明确金额及方式。
     
   • 买受人：若对取回决定有异议，应在法定期限内提起上诉或申请再审；若希望保留设备，及时与出卖人协商支付剩余价款。

总结：货款处理需结合合同约定、履行情况及公平原则综合判断。建议双方优先协商，若协商不成，可委托律师分析合同条款及证据，制定诉讼策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。