代持协议由一方保管，并不影响其法律效力，但协议的保管方式可能会影响其后续的证明力和执行便利性。以下从多个角度为你详细分析：
一、代持协议的法律效力基础
代持协议，即实际出资人与名义出资人之间关于股权代持的约定，其法律效力主要取决于以下几个条件：
- 主体合格：双方当事人必须具有相应的民事行为能力，能够理解协议内容并独立进行民事活动。
- 意思表示真实：协议双方签订代持股协议必须基于真实意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。
- 内容合法合规：代持股协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
- 形式符合要求：虽然法律未强制要求代持股协议必须书面化，但为避免日后纠纷时的举证困难，建议采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。
只要代持协议满足上述条件，无论由哪一方保管，都不影响其法律效力。
二、保管方式对协议的影响
尽管保管方式不影响协议的法律效力，但它可能会对协议的证明力和执行便利性产生影响：
- 证明力：如果协议由一方保管，而在后续纠纷中，保管方可能更容易提供协议原件作为证据。然而，如果保管不善导致协议丢失或损坏，或者保管方拒绝提供协议，那么另一方可能会面临举证困难。因此，建议双方在签订协议时，可以约定由第三方机构（如律师事务所、公证处等）保管协议原件，或者双方各执一份协议复印件并加盖骑缝章，以确保协议的完整性和可证明性。
- 执行便利性：如果协议中约定了双方的权利义务和违约责任等条款，那么保管协议的一方在执行协议时可能会更加便利。然而，这并不意味着保管方可以随意违反协议约定或损害另一方利益。如果保管方违反协议约定，另一方仍然可以通过法律途径维护自己的权益。
三、法律风险与应对措施
代持协议虽然在一定程度上可以满足实际出资人的需求，但也存在一些法律风险，如股权被查封或用于偿债、名义股东不配合等。为了降低这些风险，双方可以在协议中明确以下条款：
- 风险承担机制：明确约定在股权被查封或用于偿债等情况下，双方的风险承担方式和赔偿机制。
- 违约责任和赔偿机制：明确约定名义股东不按照实际出资人的指示行使股东权利或履行股东义务时的违约责任和赔偿机制。
- 监督机制：可以考虑设置监督机制，如定期向实际出资人报告股权状况、允许实际出资人查阅公司账簿等，以确保名义股东按照协议约定行使股东权利。
四、建议
- 签订书面协议：为了确保协议的合法性和有效性，建议双方签订书面代持协议，并详细记载双方的权利义务和违约责任等条款。
- 妥善保管协议：双方应妥善保管协议原件或复印件，并可以考虑由第三方机构保管协议原件或加盖骑缝章等方式确保协议的完整性和可证明性。
- 及时咨询专业律师：在签订代持协议前或遇到法律纠纷时，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
总之，代持协议由一方保管并不影响其法律效力，但双方应谨慎考虑保管方式对协议证明力和执行便利性的影响，并采取相应的措施来降低法律风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。