结论：员工在仲裁前发现公司注销，不能直接追加股东为被申请人，但可以通过特定法律程序将股东列为共同当事人或责任主体。具体分析如下：
一、公司注销后的法律主体变化
公司注销意味着其法人资格的终止，即公司作为法律主体的消亡。在仲裁或诉讼程序中，被申请人或被告必须是具有法律主体资格的实体。因此，公司注销后，原公司不再具备作为仲裁被申请人的资格。
二、股东的责任承担
虽然公司注销后其法人资格终止，但股东的责任并不因此完全免除。根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，股东在公司注销过程中若存在违法行为或未履行清算义务，可能需承担相应的法律责任。具体来说：
未依法清算的责任：如果股东未依法成立清算组进行清算，或者清算过程中存在故意或重大过失导致公司财产贬值、流失、毁损或灭失，或者未依法履行通知和公告义务导致债权人未及时申报债权而未获清偿，股东可能需对公司债务承担赔偿责任。
恶意处置财产的责任：股东在公司解散后，恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，债权人主张其对公司债务承担相应赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。
承诺清偿债务的责任：公司未经依法清算即办理注销登记，股东或者第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，债权人主张其对公司债务承担相应民事责任的，人民法院应依法予以支持。
三、仲裁程序中的处理
在仲裁程序中，若员工发现公司已注销，且认为股东应承担相应责任，可以采取以下措施：
申请变更或追加当事人：员工可以向仲裁机构申请变更或追加股东为共同当事人，但需提供充分证据证明股东应承担责任。仲裁机构将根据具体情况决定是否受理。
提起诉讼：如果仲裁机构不予受理或员工对仲裁结果不满，员工可以向人民法院提起诉讼，将股东列为被告，要求其承担相应责任。在诉讼过程中，员工需提供充分证据证明股东存在违法行为或未履行清算义务等情形。
四、实际操作建议
收集证据：员工应尽快收集公司注销的相关证据，如注销登记公告、清算报告等，以及证明股东存在违法行为的证据，如未依法清算、恶意处置财产等。
咨询专业律师：由于涉及复杂的法律程序和证据收集，员工应咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
及时行动：员工应在发现公司注销后尽快采取行动，以免因超过诉讼时效而丧失追偿权利。
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