关于您与划拨土地持有人签订投资建房合同，约定50年使用权是否受法律保护的问题，我的结论是：该合同在多个层面可能面临法律风险，其有效性及受保护程度需结合具体情况分析。以下是我从不同角度为您进行的详细分析：
一、划拨土地的性质与流转限制
划拨土地权属：
- 划拨土地通常属于国家所有，由政府或相关部门根据特定目的（如公共设施、公益事业等）无偿划拨给使用单位或个人使用。这种使用权具有特定性和无偿性，且往往附有特定的使用条件和限制。
流转限制：
- 根据《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关法律法规，划拨土地上的房屋及土地使用权一般不得随意转让、出租或抵押。若需进行流转，通常需经过政府批准，并补缴土地出让金等费用，将划拨土地转为出让土地后，方可进行合法流转。
二、合同有效性的法律分析
合同内容合法性：
- 您与划拨土地持有人签订的投资建房合同，若涉及划拨土地使用权的长期（如50年）转让或出租，且未经政府批准或未补缴土地出让金，则该合同内容可能违反法律法规的强制性规定，从而面临被认定为无效的风险。
合同期限问题：
- 即使合同内容本身合法，但约定的50年使用权期限也可能存在问题。根据《中华人民共和国民法典》及相关规定，租赁合同的期限一般不得超过二十年。超过部分，法律不予保护。因此，若合同被认定为租赁合同性质，则50年的期限约定可能无效。
三、可能的法律后果
合同无效后果：
- 若合同被认定为无效，根据《中华人民共和国民法典》的规定，双方应返还因合同取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错方还需赔偿对方因此所受到的损失。
行政处罚风险：
- 未经批准擅自转让、出租划拨土地使用权的，可能面临政府相关部门的行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。
刑事责任风险：
- 在极端情况下，若行为构成非法转让、倒卖土地使用权罪等刑事犯罪，还可能面临刑事责任的追究。
四、建议与合法途径
审查合同内容：
- 建议您首先审查合同内容，确保其不违反法律法规的强制性规定，特别是关于划拨土地使用权流转的规定。
咨询政府相关部门：
- 在签订合同前，建议您咨询当地政府自然资源主管部门或相关机构，了解划拨土地使用权的流转政策、程序及要求。
补缴土地出让金：
- 若确实需要进行流转，且符合政府规定的条件，可考虑补缴土地出让金等费用，将划拨土地转为出让土地后，再进行合法流转。
调整合同期限：
- 若合同被认定为租赁合同性质，建议调整合同期限至法律规定的范围内（如不超过二十年），以避免法律风险。
综上所述，您与划拨土地持有人签订的投资建房合同，在约定50年使用权的情况下，可能面临法律风险。为了确保合同的合法性和有效性，建议您在签订前充分了解相关法律法规和政策要求，并咨询专业律师或政府相关部门的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。