您好，关于您提出的“永久基本农田保护条例是否被废止”的问题，我为您进行详细解答。

首先，需要明确的是，《永久基本农田保护条例》这一名称的专门条例并未被废止。不过，在农田保护的相关法规体系中，确实存在条例的更新与替代情况。具体来说，1994年8月18日，国务院曾发布过《基本农田保护条例》，但该条例在1998年12月27日被新的《基本农田保护条例》（国务院第257号令）所废止并替代。新的《基本农田保护条例》自发布之日起施行，对基本农田的保护、管理等方面做出了更为详细和严格的规定。

此外，从最新的政策动态来看，自然资源部在推进法治政府建设的过程中，确实对部门规章进行了清理和修订。例如，在2025年，自然资源部制定出台了《永久基本农田保护红线管理办法》等新的规章，并废止了部分不再适应当前形势的规章和规范性文件。但这一清理和修订工作并未涉及对《基本农田保护条例》的废止，而是对其进行了进一步的细化和补充，以更好地适应新时代农田保护的需求。

因此，您可以放心，《基本农田保护条例》（国务院第257号令）目前仍然有效，并未被废止。同时，随着政策法规的不断完善，永久基本农田的保护工作也将得到更加全面和有力的法律保障。

如果您还有其他关于农田保护、土地管理等方面的问题，欢迎随时向我提问，我将竭诚为您解答。