三方协议可以盖方形的章子，但关键在于印章的真实性和合法性，以及是否符合协议签订的相关要求。以下是对这一问题的详细分析：

一、印章的真实性和合法性

1. 真实印章：无论是圆形还是方形的印章，只要它是真实、合法的，且代表了相关方的真实意愿，就可以在三方协议上使用。印章的真实性是协议有效性的基础，任何伪造或变造的印章都会导致协议无效，并可能引发法律责任。

2. 合法印章：印章必须符合相关法律法规的规定，如必须是单位公章或合同专用章，不能是部门章、业务章等其他类型印章。同时，印章的使用也必须符合单位的内部规定和程序。

二、三方协议签订的相关要求

1. 盖章主体：

   • 用人单位：应加盖单位公章或合同专用章，确保印章的真实性和合法性。
   • 学校：学校就业指导中心或相关部门需加盖公章，确认协议的真实性和有效性。
   • 毕业生：虽然毕业生通常签字而非盖章，但签字同样具有法律效力，表示对协议条款的同意。

2. 盖章程序：

   • 一般先由用人单位填写并盖章，然后由毕业生签字确认，最后由学校就业指导中心进行签证盖章。这一程序确保了各方对协议内容的认可和协议的合法性。

3. 注意事项：

   • 确保协议上填写的用人单位名称与单位印鉴名称完全一致。
   • 明确约定试用期、见习期、违约金等重要条款，避免后续纠纷。
   • 如协议中有手写补充条款，需各方先确认后再盖章，确保对所有条款的认可。

三、方形印章的适用性

1. 形状非关键：印章的形状（圆形或方形）并不是决定其能否在三方协议上使用的关键因素。关键在于印章是否真实、合法，并代表了相关方的真实意愿。

2. 实际案例：在实际操作中，只要方形印章符合上述真实性和合法性的要求，且符合协议签订的相关程序，就可以在三方协议上使用。例如，某些单位可能由于历史原因或特殊需求而使用方形印章，但这并不影响其在法律上的效力。

四、法律后果与风险提示

1. 协议无效：如果使用的印章是伪造或变造的，或者不符合协议签订的相关要求，那么三方协议可能被视为无效合同。这将导致各方在协议中约定的权利和义务无法得到法律保障，从而可能引发一系列的法律纠纷和经济损失。

2. 法律责任：使用伪造或变造的印章还可能构成犯罪行为，如伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪等。这将面临刑事处罚和相应的民事责任赔偿。

建议：在签署三方协议时，各方应确保使用的印章真实、合法，并符合协议签订的相关要求。如果对方提出使用方形印章，应仔细核实其真实性和合法性，并咨询专业人士的意见（当然，你可以直接向我咨询）。同时，各方也应仔细阅读协议条款，确保自身权益得到充分保障。