关于扣留被告遗留的工程款是否有扣留时效的问题，这主要取决于扣留行为的法律性质和所依据的具体法律规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 如果扣留行为是基于法律程序，如诉前财产保全或诉讼中的财产保全：

   • 在这种情况下，扣留工程款（即冻结或查封相关财产）的时效通常与诉讼程序紧密相关。诉前财产保全的期限一般较短，且需要在采取保全措施后的一定期限内提起诉讼或申请仲裁，否则保全措施将被解除。
   • 诉讼中的财产保全则通常持续到判决生效并执行完毕为止。但需注意，如果保全措施在执行过程中因各种原因（如被保全人提供担保、保全错误等）被解除，则扣留行为也随之终止。

2. 如果扣留行为是基于合同约定或双方协商：

   • 在这种情况下，扣留工程款的时效将取决于合同中的具体约定或双方的协商结果。合同中可能会明确规定扣留的期限、条件以及解除扣留的方式等。
   • 如果合同中没有明确规定，或者双方协商未果，则可能需要通过法律途径（如诉讼或仲裁）来确定扣留的合法性和时效。

3. 关于扣留行为的合法性：

   • 无论扣留行为是基于法律程序还是合同约定，都必须确保扣留的合法性和合理性。非法扣留或滥用扣留权利可能会引发法律纠纷，甚至导致扣留人承担法律责任。
   • 因此，在采取扣留措施前，建议咨询专业律师，确保扣留行为的合法性和有效性。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在实际操作中，扣留工程款可能涉及多个法律环节和程序，如申请保全、提供担保、参与诉讼或仲裁等。每个环节都有其特定的时效要求和法律规定。
   • 因此，建议扣留人在采取扣留措施前，充分了解相关法律规定和程序要求，确保扣留行为的顺利进行和合法有效。

总结来说，扣留被告遗留的工程款是否有扣留时效，取决于扣留行为的法律性质和所依据的具体法律规定。如果是基于法律程序的扣留，时效通常与诉讼程序相关；如果是基于合同约定或双方协商的扣留，则时效将取决于合同中的具体约定或双方的协商结果。在任何情况下，都应确保扣留行为的合法性和合理性，并咨询专业律师以获取准确的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。