违建的认定部门主要取决于违建发生的地点、性质及违反的法律法规，一般来说，主要由以下几个部门来认定：

1. 城乡规划主管部门：

   • 适用范围：主要负责城市、镇规划区内建筑物、构筑物等工程建设的规划管理。对于未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行的建设，城乡规划主管部门有权进行认定和处理。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责处理此类违建。
   • 实例说明：如城市居民未经许可搭建阳光房，或市区内私自搭建的大型商业广告牌，城乡规划主管部门将依据城市规划进行认定。

2. 乡（镇）人民政府：

   • 适用范围：专注于乡、村庄规划区内的建设管理。对于未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行的建设，乡（镇）人民政府具有认定权和处理权。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国城乡规划法》，乡（镇）人民政府可责令停止建设、限期改正，逾期不改则可拆除。
   • 实例说明：如乡村村民未经许可建设养殖场，或农村集体土地上未经批准私自建设的住宅，乡（镇）人民政府将依据乡村规划进行认定和处理。

3. 城市管理综合行政执法部门（城管执法局）：

   • 适用范围：在许多地方，城管部门通过相对集中行政处罚权的方式，被赋予对违建的查处权，包括认定工作。主要负责对城市中各类违法建设行为的巡查、认定和处理。
   • 实例说明：如城管部门在日常巡查中发现沿街商铺私自扩建门面，或违规加建的楼层，将进行调查和认定。

4. 自然资源部门（特定情况下）：

   • 适用范围：专注于土地管理法律法规的遵守情况。对于违反土地管理法规，非法占用土地进行建设的行为，自然资源部门有权进行认定和处理。
   • 法律依据：基于土地利用总体规划、土地用途管制等规定。
   • 实例说明：如企业未经批准占用农用土地建设厂房，或未经批准非法占用土地进行建设的其他行为，自然资源部门将依据相关规定进行认定。

5. 水利部门（特定情况下）：

   • 适用范围：对于在河道管理范围内违法建设建筑物、构筑物等影响行洪安全的行为，水利部门依据相关法律法规进行认定和处理。
   • 实例说明：河道内私自搭建房屋、围垦河道等行为均属于其管辖范畴。

综合建议：

• 面临违建问题时，首先应明确违建的具体地点、性质和违反的法律法规，以确定负责认定的主管部门。
• 在处理违建问题时，务必遵循相关法律法规，避免采取过激或违法的行为，以免带来不必要的法律风险和经济损失。
• 如果您对违建问题存在疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导。