您好，关于您提出的“申请案件不公开怎么处理”的问题，这主要涉及到政府信息公开的相关法律程序。以下是我为您整理的详细解答：

首先，需要明确的是，政府信息公开是法治政府建设的重要一环，它保障了人民群众依法获取政府信息的权利。然而，在某些特定情况下，政府信息可能不会被公开，这通常基于保护国家秘密、商业秘密、个人隐私等合法利益的需要。

一、不予公开的情形

根据《中华人民共和国政府信息公开条例》及相关司法解释，行政机关在以下情形下可以作出不予公开的决定：

1. 涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私等敏感信息；
2. 公开后可能危及国家安全、公共安全、经济安全或社会稳定；
3. 公开后可能损害第三方合法权益，且无法征得第三方同意；
4. 行政机关内部管理信息或过程性信息，公开后可能影响行政决策或行政执法的公正性。

二、处理流程

1. 申请阶段：当您向行政机关申请公开某项政府信息时，行政机关会首先审查您的申请内容，判断是否属于不予公开的情形。

2. 决定阶段：如果行政机关认为您的申请涉及不予公开的信息，它会作出不予公开的决定，并书面告知您不予公开的理由和依据。

3. 复议阶段：根据2023年修订的《中华人民共和国行政复议法》第二十三条第一款第四项规定，如果您对行政机关的不予公开决定不服，您应当先向行政复议机关申请行政复议。行政复议机关会对您的申请进行审查，并作出复议决定。

4. 诉讼阶段：如果您对行政复议决定仍然不服，您可以依法向人民法院提起行政诉讼。人民法院会依法审理您的案件，并作出判决。

三、注意事项

1. 提供证据：在申请政府信息公开时，您应当尽可能提供详细的申请内容和理由，以便行政机关更好地理解您的需求。同时，在复议或诉讼阶段，您也需要提供相关证据来支持您的主张。

2. 尊重决定：如果行政机关作出了不予公开的决定，并且该决定符合法律法规的规定，您应当尊重并接受该决定。如果您认为该决定侵犯了您的合法权益，您可以通过复议或诉讼等法律途径来维护自己的权益。

3. 保护隐私：在申请政府信息公开时，您也应当注意保护他人的隐私和合法权益。不要申请公开与您无关或可能侵犯他人隐私的信息。

希望以上解答能够帮助您更好地理解申请案件不公开的处理流程和相关法律规定。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。