协议中虽约定了保证金但未约定退回方式，保证金仍应退回，但具体退回方式需结合法律规定、协议目的、交易习惯及公平原则等确定。具体分析如下：

1. 保证金的基本性质与退回义务
   保证金通常具有担保性质，用于确保合同履行或赔偿损失。根据《民法典》第五百八十七条，若债务人履行债务，保证金应返还或抵作价款；若未履行且造成损失，债权人可优先受偿，但超出损失部分仍需返还。因此，即使协议未约定退回方式，保证金也不当然归债权人所有，退回义务仍存在。

2. 退回方式的具体确定路径

   • 补充协议：双方可协商补充约定退回条件、时间、方式（如原路返还、现金支付等），这是最直接高效的解决方式。
     
   • 交易习惯：若行业或双方存在长期交易习惯（如保证金在合同终止后30日内无息退还），可参照习惯处理，但需证明习惯的存在且不违反法律强制性规定。
     
   • 法定规则：
     
     • 无息退还：若保证金未约定利息，通常应无息退还（《民法典》第六百八十条）。
       
     • 扣除合理费用：若债权人因保管保证金产生合理费用（如银行手续费），可主张扣除，但需举证费用实际发生且必要。
       
     • 优先受偿后的剩余返还：若保证金用于赔偿损失，债权人需证明损失金额，超出部分应返还。
       
   • 公平原则：若协议对退回方式完全空白，法院可能根据双方过错、合同履行情况等，按公平原则判定退回方式（如分期退还、扣除违约金后退还等）。

3. 实务建议

   • 对给付方：
     
     • 立即书面催告对方退还保证金，并留存催告证据（如邮件、短信）。
       
     • 若对方拒绝，可收集合同、付款凭证、履行证据等，向法院起诉要求退还，并主张逾期利息（按LPR计算）。
       
   • 对收受方：
     
     • 若主张扣除保证金，需在协议或补充协议中明确扣除条件（如违约情形、损失计算方式），并留存损失证据。
       
     • 及时书面通知对方扣除金额及理由，避免被认定为擅自占有。

总结：协议未约定保证金退回方式时，双方应优先协商；协商不成时，可依据交易习惯、法定规则或公平原则处理。若发生争议，建议根据自身角色（给付方或收受方）采取相应措施，必要时通过法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。