结论：医药公司欠款几千万药款是否会被扣，取决于多种因素，包括欠款性质、债权人的行动以及法律程序等。以下从不同角度为您详细分析。
一、欠款性质与法律责任
合同之债：
- 如果医药公司与供应商之间存在明确的买卖合同，且合同中规定了付款条款，那么医药公司未按照合同约定支付药款，就构成了违约。
- 在这种情况下，供应商有权依据合同要求医药公司支付欠款，并可能要求支付违约金或赔偿损失。
侵权之债（如适用）：
- 如果医药公司的欠款行为涉及欺诈、恶意拖欠等侵权行为，供应商还可以考虑提起侵权诉讼，要求医药公司承担侵权责任。
二、债权人的行动与法律程序
协商与调解：
- 在欠款发生后，供应商首先可以尝试与医药公司进行协商，寻求达成还款协议或分期还款等解决方案。
- 如果协商无果，供应商还可以寻求第三方调解机构的帮助，通过调解解决纠纷。
诉讼与仲裁：
- 如果协商和调解均未能解决问题，供应商可以向法院提起诉讼，要求医药公司支付欠款。
- 在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定，作出判决。如果医药公司败诉且未履行判决，供应商可以申请强制执行。
- 如果双方在合同中约定了仲裁条款，供应商还可以选择向仲裁机构申请仲裁，仲裁裁决同样具有法律效力。
强制执行措施：
- 在获得法院判决或仲裁裁决后，如果医药公司仍未履行付款义务，供应商可以申请法院采取强制执行措施。
- 强制执行措施可能包括查封、扣押、拍卖医药公司的财产（如药品、设备、房产等），以偿还欠款。
- 需要注意的是，强制执行措施的实施需要遵循法定程序，且法院会考虑医药公司的实际经营情况和债务承受能力，避免过度执行导致医药公司无法正常运营。
三、特殊情况与考虑因素
医药公司的财务状况：
- 如果医药公司财务状况良好，有足够的资产来偿还欠款，那么供应商通过法律程序追回欠款的可能性较大。
- 如果医药公司财务状况不佳，甚至面临破产清算，那么供应商的债权可能会受到一定影响，需要依据破产法等相关法律规定来参与分配。
政策与监管环境：
- 医药行业受到严格的政策与监管环境影响，如果医药公司的欠款行为涉及违法违规行为（如虚开发票、偷税漏税等），那么相关部门可能会介入调查并采取相应的处罚措施。
- 在这种情况下，供应商的债权追回可能会受到一定影响，但也可以考虑向相关部门举报并寻求协助。
四、建议与行动指南
收集证据：
- 供应商应尽快收集与欠款相关的所有证据，包括合同、发票、送货单、对账单等，以证明医药公司的欠款事实和金额。
咨询专业律师：
- 在采取任何行动之前，供应商应咨询专业律师（如我，郑玉强律师，专注于刑事辩护、经济纠纷领域），了解法律程序和可能的风险，制定合适的维权策略。
及时行动：
- 欠款问题不宜拖延，供应商应尽快采取行动，避免错过诉讼时效或给医药公司转移资产的机会。
如果您有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律建议和解决方案。