交通运输部门针对货运车辆改型的车辆扣车，主要依据的是《中华人民共和国道路运输条例》以及《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定。以下是对这一问题的详细分析：
《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定：
- 根据该条例第六十九条，货运经营者擅自改装已取得车辆营运证的车辆的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令改正，并处5000元以上2万元以下的罚款。这一条款明确规定了货运车辆改型的法律责任，交通运输部门有权对改型车辆进行处罚，包括扣车直至改正。
《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定：
- 该法第十六条规定，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。这是货车改型违法的核心法律条款，为交通运输部门扣车提供了直接的法律依据。
- 同时，该法第九十条也规定，对于违反道路交通安全法律、法规的行为，机动车驾驶人将面临警告或二十元以上二百元以下的罚款。虽然这一条款并未直接提及扣车，但在实际操作中，对于严重违法的改型车辆，交通运输部门或交警部门有权采取扣车等强制措施，以确保道路交通安全。
扣车的具体情形与程序：
- 当交通运输部门或交警部门发现货运车辆存在改型行为时，会首先进行调查取证，确认违法事实。
- 确认违法后，部门会依法对车辆进行扣留，并出具扣车凭证。
- 车主或驾驶人需在规定期限内接受处理，包括缴纳罚款、恢复车辆原状等。
- 处理完毕后，部门会解除扣车，返还车辆。
法律建议与注意事项：
- 及时办理变更登记：若货车确实需要更改外观、发动机等关键部分，车主应及时前往车管所办理变更登记，以避免因未登记而导致的违法行为。
- 遵守法律法规：车主和驾驶人应严格遵守道路交通安全法和道路运输条例的相关规定，不得擅自改装货车，确保车辆的安全性和合规性。
- 定期维护与检测：为确保货车的安全性能，车主应按规定对车辆进行维护和检测，避免因车辆状况不佳而引发的安全问题或法律责任。
总结来说，交通运输部门针对货运车辆改型的车辆扣车，主要依据的是《中华人民共和国道路运输条例》和《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定。车主和驾驶人应严格遵守相关法律法规，确保车辆的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。