针对您提出的“公司卖废品收费怎么处理”的问题，这主要涉及到废品销售收入的税务处理以及可能的垃圾处理费用缴纳两个方面。以下是我为您提供的详细解答：
一、废品销售收入的税务处理
增值税处理：
- 如果您的公司在处理城市生活垃圾的过程中，对可再利用的废品（如废塑料、废金属等）进行了清洗、整理、打包等专业化处理，并自行销售这些废品，那么这部分销售收入属于销售货物的范畴。
- 根据《国家税务总局关于二手车经销等税收征收管理事项的公告》的相关规定，销售货物应按照货物的适用税率计算缴纳增值税。具体税率可能因货物类型而异，一般废品销售可能适用13%或更低的税率（如废旧物资回收可能享受税收优惠政策，具体需根据当地税务政策确定）。
税务申报与缴纳：
- 您公司应按照税法规定，定期向税务机关申报并缴纳增值税。
- 在申报时，应准确区分废品销售收入与其他业务收入，并按照规定税率计算应纳税额。
二、垃圾处理费用的缴纳（如适用）
费用征收范围与标准：
- 如果您的公司作为废品收购点或产生垃圾的单位，可能需要根据当地政府的规定缴纳垃圾处理费用。
- 垃圾处理费用的征收范围和标准通常由地方政府制定，并可能因地区、垃圾类型、产生量等因素而异。例如，某些地区可能对废品收购点按照经营面积或日处理量征收垃圾处理费。
费用缴纳方式：
- 您应咨询当地政府或相关部门，了解具体的垃圾处理费用征收政策、标准以及缴纳方式。
- 按照规定的时间和方式缴纳垃圾处理费用，以避免可能的罚款或法律责任。
三、综合建议
了解当地政策：
- 由于垃圾处理费用和税务政策可能因地区而异，建议您首先咨询当地政府、税务机关或相关部门，了解具体的政策规定和操作流程。
完善内部管理：
- 建立完善的废品销售记录和垃圾处理费用缴纳记录，以便准确核算收入和费用，并满足税务和监管要求。
寻求专业帮助：
- 如果您对税务处理或垃圾处理费用缴纳存在疑问或不确定之处，建议寻求专业税务顾问或律师的帮助，以确保合规经营并降低风险。
综上所述，公司卖废品收费的处理主要涉及到废品销售收入的税务处理和可能的垃圾处理费用缴纳两个方面。您应根据当地政策规定和实际情况，准确核算收入、缴纳税款和费用，并完善内部管理以降低风险。