面对“钱已经还了但借条丢失”的情况，确实可能会带来一些不必要的麻烦和潜在的法律风险。不过，别担心，通过采取一系列综合措施，你可以有效证明借款已经偿还，从而维护自己的合法权益。以下是一些具体建议：

一、首要行动：与债权人沟通并请求出具收条

1. 立即沟通：第一时间与债权人取得联系，诚恳地告知他们借条遗失的情况。
2. 请求收条：请求债权人出具一份详细的收条，收条中应明确写明你已偿还的借款金额、借款日期、还款日期，并声明原借条因遗失而作废。收条上应有债权人的签字、身份证号（如可能）及日期，以确保其法律效力。

二、保留多样化的还款证据

1. 电子支付记录：如果你通过银行转账、微信、支付宝等电子支付方式还款，务必妥善保存相关的转账记录。这些记录应包含转账时间、金额、转账双方的账户信息等，作为还款的直接证据。建议截图保存，并尽可能下载带有公章的交易明细。
2. 现金还款证据：如果你采用现金方式还款，建议找第三方见证人在场，并让债权人在收到现金时在写有还款信息的纸张上按手印确认。此外，你还可以现场录音录像，记录还款的详细情况，但需确保录音录像的合法性，不侵犯他人隐私。

三、签订还款协议以增强证明力

1. 协商签订：与债权人协商签订一份详细的还款协议，明确借款事实、还款时间、还款方式及借款已全部还清的情况。
2. 双方签字：协议应由双方签字确认，并可考虑进行公证，以提高其法律效力。这样，即使未来出现争议，这份协议也能作为有力的证据。

四、沟通时留存证据

1. 电话或短信沟通：在与债权人沟通还款情况时，可通过电话录音或保留短信、微信聊天记录等方式，让债权人明确承认借款已还清的事实。
2. 清晰提及：在沟通过程中，应清晰提及借款的金额、时间、还款情况及请求确认借款已还清的意图，以便未来作为证据使用。

五、预防措施与建议

1. 谨慎借贷：为预防类似情况再次发生，建议在未来的借贷关系中采取更加谨慎的态度。例如，还款时可要求债权人当面销毁借条，或通过银行转账等留下明确的还款记录。
2. 书面协议：签订书面的借贷协议也是保障双方权益的重要措施。协议中应明确约定借款金额、借款时间、还款方式及时间等细节，以确保在发生争议时有据可依。

六、法律咨询与应对

如果情况复杂或涉及较大金额，且你与债权人之间无法达成一致意见，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据你的具体情况，为你制定合适的应对策略，帮助你维护自己的合法权益。

总之，虽然借条的遗失可能会带来一些麻烦和潜在风险，但只要你能够积极采取措施收集并保留相关证据，就能够有效证明借款已经偿还，从而维护自己的合法权益。希望这些建议能对你有所帮助！