结论：发生债权债务但已结清的情况下，企业通常可以申请简易注销，但需满足法定条件并履行相应程序。 以下从法律程序、实务操作和风险提示三个角度展开说明：

一、法律程序层面：简易注销的法定条件

根据《公司法》《市场主体登记管理条例》及简易注销改革相关规定，企业申请简易注销需同时满足以下核心条件：

1. 债权债务已清算完毕
   需提供全体投资人签署的《全体投资人承诺书》，承诺”企业不存在未结清清偿费用、职工工资、社会保险费用、法定补偿金、应缴纳税款（滞纳金、罚款）及其他未了结事务”。若债权债务已通过清偿、债务转移、债务抵销等方式实际结清，即使未签订书面结清协议，也可视为满足条件。

2. 未被列入经营异常名录或严重违法失信名单
   需通过国家企业信用信息公示系统核查企业状态，若存在未处理的行政处罚、司法协助执行等情形，将导致简易注销申请被驳回。

3. 未涉及未了结的诉讼或仲裁案件
   若企业作为原告/被告存在未结案的民事诉讼，或作为被申请人存在未结案的仲裁案件，需先通过撤诉、和解或判决等方式终结程序。

二、实务操作层面：关键步骤与材料准备

1. 步骤一：自行核查债权债务状态

   • 核对财务账簿、合同、银行流水等材料，确认所有债务已实际清偿；
   • 通过中国裁判文书网、执行信息公开网等渠道核查是否存在未了结诉讼；
   • 联系税务机关确认是否存在欠税或未办结税务事项。

2. 步骤二：完成清算组备案（如需）
   根据《公司法》第183条，若企业曾存在未了结债务但已结清，建议通过国家企业信用信息公示系统公示清算组成员信息（即使选择简易注销程序，部分地区仍要求此步骤）。

3. 步骤三：提交简易注销申请
   需准备以下材料：

   • 《企业注销登记申请书》；
   • 全体投资人签署的《全体投资人承诺书》；
   • 营业执照正副本原件；
   • 清算报告（部分地区已取消此要求，以当地登记机关规定为准）。

三、风险提示：特殊情形下的限制

1. 存在担保债务的情形
   若企业曾为第三方提供担保，即使主债务已结清，仍需确认担保责任是否完全解除。若担保合同未到期或未获债权人书面解除担保的通知，可能被认定为”存在未了结事务”。

2. 涉及行政处罚未履行完毕
   若企业存在未缴纳的罚款、滞纳金等，即使债权债务已结清，仍需先履行行政处罚义务，否则登记机关将不予受理简易注销申请。

3. 股东未履行出资义务
   若存在股东未实缴出资的情形，需先通过股东会决议明确出资责任承担方式，否则可能因”存在未了结事务”被驳回申请。

建议行动：

1. 登录国家企业信用信息公示系统，下载《企业信用信息公示报告》，核查是否存在异常状态；
   
2. 联系主管税务机关获取《清税证明》，确认税务事项已结清；
   
3. 若存在特殊情形（如担保债务、行政处罚等），建议先通过书面协议固定债务结清事实，再申请注销。
   

如有进一步疑问，可直接向我提供企业具体情形（如债务类型、是否涉及第三方权益等），我将结合地方性法规为您定制解决方案。