铁路安保区内的违法建筑，一般由县级以上地方人民政府责成有关部门或者铁路管理机构组织拆除。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与责任主体
《铁路安全管理条例》的相关规定：
- 根据《铁路安全管理条例》第三十一条，在铁路线路安全保护区内，任何单位和个人不得实施建造建筑物、构筑物等危及铁路安全的行为。
- 若存在此类违法建筑，县级以上地方人民政府有权责成有关部门或者铁路管理机构进行查处，并组织拆除。
责任主体的具体执行：
- 县级以上地方人民政府：作为地方行政机关，负责辖区内的公共安全和管理，包括铁路安全保护区的监管。在发现违法建筑时，政府可以责成相关部门（如城市管理、规划、建设等）或铁路管理机构进行拆除。
- 铁路管理机构：如铁路局、铁路公司等，负责铁路线路的运营和管理，包括安全保护区的维护。在政府责成下，铁路管理机构可以组织或参与违法建筑的拆除工作。
拆除程序与注意事项
调查与认定：
- 在拆除前，相关部门或铁路管理机构需要对违法建筑进行调查和认定，确认其是否位于铁路安全保护区内，以及是否对铁路安全构成威胁。
通知与限期拆除：
- 一旦认定违法建筑，相关部门或铁路管理机构会向违法建筑的所有者或使用者发出通知，要求其在规定期限内自行拆除。
强制拆除：
- 若违法建筑的所有者或使用者在规定期限内未自行拆除，相关部门或铁路管理机构可以依法进行强制拆除。在强制拆除过程中，应确保程序合法、措施得当，避免对铁路运营和周边环境造成不必要的影响。
特殊情况与处理
历史遗留问题：
- 对于一些历史遗留的违法建筑，可能涉及复杂的产权关系和历史背景。在处理这类问题时，需要综合考虑各种因素，确保拆除工作的合法性和合理性。
跨区域协调：
- 若违法建筑位于不同行政区域的交界处，可能需要跨区域协调拆除工作。此时，相关地方政府和铁路管理机构应加强沟通与合作，共同推进拆除工作的顺利进行。
建议：若您发现铁路安保区内存在违法建筑，或您是违法建筑的所有者/使用者并面临拆除问题，建议您及时与当地政府或铁路管理机构沟通，了解具体政策和程序。如有需要，也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。