机关单位垫资是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法垫资的情况
符合财务制度和预算安排：
- 如果机关单位的垫资行为是依据其内部的财务制度和预算安排进行的，且垫资的用途符合法律法规和政策规定，那么这种垫资行为是合法的。例如，机关单位为了完成某项紧急任务或项目，在预算范围内先行垫付资金，后续再按照程序进行报销和结算，这是符合财务管理规定的。
特定项目或任务需要：
- 在某些特定项目或任务中，机关单位可能需要先行垫付资金以确保项目的顺利进行。这种情况下，如果垫资行为得到了上级主管部门的批准或认可，并且符合相关法律法规和政策规定，那么也是合法的。
二、可能不合法的垫资情况
超出预算或财务制度范围：
- 如果机关单位的垫资行为超出了其预算范围或违反了财务制度的规定，那么这种垫资行为可能是不合法的。例如，机关单位未经批准擅自垫付资金用于非预算项目或个人消费，这违反了财务管理规定，可能构成违法行为。
涉及利益输送或腐败：
- 如果机关单位的垫资行为背后存在利益输送或腐败问题，那么这种垫资行为显然是不合法的。例如，机关单位为了谋取私利或照顾特定关系人，擅自垫付资金进行不正当交易或活动，这不仅违反了法律法规和政策规定，还损害了公共利益和社会公正。
三、法律后果与风险提示
财务违规处理：
- 对于合法的垫资行为，机关单位应按照财务制度和预算安排进行报销和结算，确保资金使用的合规性和透明度。如果垫资行为违反了财务制度或预算安排，机关单位可能面临财务违规的处理，包括责令改正、通报批评、罚款等。
法律责任追究：
- 对于不合法的垫资行为，特别是涉及利益输送或腐败的，相关责任人员可能面临法律责任的追究。根据违法行为的性质和情节轻重，可能涉及行政处罚、刑事处罚等。
四、建议与措施
加强内部管理：
- 机关单位应建立健全内部财务管理制度，明确垫资行为的审批程序、报销标准和结算方式等，确保垫资行为的合规性和透明度。
强化监督与审计：
- 机关单位应加强对垫资行为的监督和审计，定期对垫资情况进行检查和评估，及时发现和纠正违规行为，防止利益输送和腐败问题的发生。
寻求法律支持：
- 如果机关单位在垫资行为中遇到法律问题或困惑，应及时寻求法律支持或咨询专业律师，以确保垫资行为的合法性和合规性。
总之，机关单位垫资是否合法取决于具体情况和法律法规的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。