非法改装出租车并恶意收费的行为，可能同时涉及行政处罚和刑事处罚，具体处罚需根据改装程度、收费情节及造成的后果综合判定。以下从行政和刑事两个角度展开分析：

一、行政处罚层面

1. 非法改装出租车的处罚
   根据《道路交通安全法》第十六条及《机动车登记规定》第五十七条，擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征（如加装计价器作弊装置、改装动力系统等），由公安机关交通管理部门责令恢复原状，并处500元以下罚款。若改装涉及营运车辆，交通运输主管部门可依据《出租汽车经营服务管理规定》第四十七条，对经营者处5000元以上2万元以下罚款，并暂扣或吊销道路运输证。

2. 恶意收费的处罚
   若恶意收费表现为通过计价器作弊、虚构里程等方式多收费用，属于《价格违法行为行政处罚规定》第七条规定的“利用虚假的或者使人误解的价格手段，诱骗消费者或者其他经营者与其进行交易”，可由市场监管部门责令改正，没收违法所得，并处违法所得5倍以下罚款；无违法所得的，处5万元以上50万元以下罚款。
   若恶意收费伴随拒载、绕道等行为，交通运输主管部门可依据《巡游出租汽车经营服务管理规定》第四十八条，对驾驶员处200元以上2000元以下罚款。

二、刑事处罚层面

1. 诈骗罪的适用
   若恶意收费行为达到“以非法占有为目的，虚构事实、隐瞒真相”的程度（如通过篡改计价器数据骗取乘客高额费用），且数额较大（通常为3000元至1万元以上，具体标准因地区而异），可能构成《刑法》第二百六十六条规定的诈骗罪，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 非法经营罪的潜在风险
   若非法改装出租车用于长期恶意收费，且情节严重（如多次实施、扰乱市场秩序等），可能被认定为《刑法》第二百二十五条规定的“非法经营行为”，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。

三、其他法律后果

1. 行政强制措施：公安机关可扣留非法改装车辆，直至恢复原状；交通运输主管部门可暂扣或吊销驾驶员从业资格证。
   
2. 民事赔偿：乘客有权依据《民法典》第一千一百六十五条要求赔偿因恶意收费导致的实际损失（如多付费用、误工费等）。
   
3. 信用惩戒：行政处罚信息可能纳入个人或企业信用记录，影响后续经营资质申请或贷款等。

建议：若您遭遇此类行为，可立即向当地交通运输主管部门（12328）或市场监管部门（12315）举报，并保留乘车票据、录音录像等证据。若涉及刑事犯罪，公安机关将立案侦查。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。